码头水上违规施工的处罚，主要依据相关法律法规对违规行为进行认定，并给予相应的行政处罚，严重者可能涉及刑事责任。以下从不同角度详细分析：
一、行政处罚角度
处罚依据：
- 根据《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国防洪法》以及《中华人民共和国河道管理条例》等相关法律法规，对于在码头水上违规施工的行为，水利、海事等相关部门有权进行处罚。
处罚种类：
- 责令停止违法行为：对于违规施工的行为，首先会要求立即停止，以防止损害进一步扩大。
- 罚款：根据违规行为的严重程度和造成的后果，可能会处以一定数额的罚款。罚款的数额会根据具体法规和违规情况而定，可能从几千元到几十万元不等。
- 没收违法所得：如果违规施工行为产生了违法所得，相关部门有权没收这些所得。
- 恢复原状：要求违规者将施工区域恢复到施工前的状态，以消除对水域环境的影响。
处罚程序：
- 相关部门在发现违规施工行为后，会进行调查取证，确认违规事实。
- 根据调查结果，依法作出处罚决定，并送达违规者。
- 违规者如果对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
二、刑事责任角度
犯罪构成：
- 如果违规施工行为严重到构成犯罪，如破坏环境资源保护罪、重大责任事故罪等，将依法追究刑事责任。
刑罚种类：
- 根据犯罪的具体情节和后果，可能会判处有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 曾有某码头因未经批准擅自进行水上施工，被水利部门查处，并处以高额罚款，同时要求立即停止施工并恢复原状。
- 另一案例中，某施工单位因违规施工导致水域污染，被依法追究刑事责任，相关责任人被判处有期徒刑。
法律建议：
- 合规施工：在进行码头水上施工前，务必了解并遵守相关法律法规，取得必要的施工许可。
- 加强监管：施工单位应加强对施工过程的监管，确保施工活动符合环保、安全等要求。
- 及时整改：如果发现违规施工行为，应立即停止并整改，以避免更严重的法律后果。
总结来说，码头水上违规施工的处罚包括行政处罚和刑事责任两种。行政处罚主要包括责令停止违法行为、罚款、没收违法所得和恢复原状等；刑事责任则可能涉及有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。因此，建议施工单位在进行码头水上施工时，务必遵守相关法律法规，确保施工活动的合法性和合规性。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。