对危害水工程安全的处罚，主要由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权进行，责令停止违法行为，采取补救措施，并处以1万元以上5万元以下的罚款。具体分析如下：

一. 处罚主体与依据

1. 处罚主体：根据《中华人民共和国水法》第七十二条，对危害水工程安全的处罚，由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权进行。
2. 处罚依据：同样依据《中华人民共和国水法》第七十二条，若在水工程保护范围内，从事影响水工程运行和危害水工程安全的爆破、打井、采石、取土等活动，且尚不够刑事处罚，防洪法未作规定的，将由上述主体进行处罚。

二. 处罚措施

• 责令停止违法行为：首先，要求立即停止对水工程造成危害的行为。
• 采取补救措施：根据危害的严重程度，要求采取相应的补救措施，以减轻或消除对水工程的损害。
• 罚款：处以1万元以上5万元以下的罚款，具体数额根据违法行为的严重程度和造成的后果来确定。

三. 特殊情况处理

• 若违法行为构成犯罪，将依照刑法的有关规定追究刑事责任。
• 若违反治安管理处罚条例，将由公安机关依法给予治安管理处罚。
• 若给他人造成损失，将依法承担赔偿责任。

综上所述，对危害水工程安全的处罚是严格且明确的，旨在保护水工程的安全和正常运行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。