对侵占、毁坏水工程设施的处罚，主要由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权进行，责令停止违法行为，采取补救措施，并处以一万元以上五万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。具体分析如下：

一. 处罚主体与依据

1. 处罚主体：根据《中华人民共和国水法》(2016年修正本)第七十二条，县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构是此类违法行为的处罚主体。
2. 处罚依据：同样依据《中华人民共和国水法》第七十二条，对于侵占、毁坏水工程及堤防、护岸等有关设施的行为，若构成犯罪，则依照刑法的有关规定追究刑事责任；若尚不够刑事处罚，则由上述处罚主体责令停止违法行为，采取补救措施，并处以罚款。

二. 处罚流程

1. 立案责任：发现违法行为后，予以审查，决定是否立案。
2. 调查责任：组织调查取证，听取当事人辩解陈述，并记录。
3. 审查责任：对案件进行全面审查，提出处理意见。
4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，告知当事人违法事实及其享有的权利。
5. 决策与决定责任：根据审查结果，作出行政处罚决定，并制作行政处罚决定书。
6. 送达与执行责任：将行政处罚决定书送达当事人，并执行相应的处罚措施。

三. 法律责任

1. 行政责任：对于尚不够刑事处罚的违法行为，将处以一万元以上五万元以下的罚款。
2. 刑事责任：若构成犯罪，则依法追究刑事责任。

四. 相关法规的补充

• 《农田水利条例》第四十四条也规定，对于侵占、损毁农田水利工程设施的行为，将依照《中华人民共和国水法》的规定处理。

我建议，对于任何侵占、毁坏水工程设施的行为，都应及时向当地水行政主管部门或流域管理机构举报，以便他们能够及时采取措施，保护水资源和水利设施的安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。