在处理特困人员变更抚养协议的监护人问题时，关键在于理解并遵循相关法律法规以及地方政策，以确保变更后的协议是合法且有效的。

首先，我们要明确的是，特困人员的监护人确定通常遵循一定的法律程序和地方政策。以您提供的参考信息为例，无锡市梁溪区出台了《梁溪区特困人员监护人确定的工作指引(试行)》，这为特困人员监护人的确定提供了明确的指导和依据。在此框架下，特困人员可以通过签订“意定监护协议”来指定自己的监护人。

关于哪个协议有效的问题：

1. 原协议与新协议的关系：

   • 如果特困人员之前已经签订了监护协议，但现在希望变更监护人，那么需要签订一份新的监护协议来替代原协议。
   • 新协议的签订应当遵循相关法律法规和地方政策，确保所有参与方的权益得到保障。

2. 新协议的有效性：

   • 新协议的有效性取决于其是否符合法律法规的要求，以及是否得到了特困人员、原监护人（如果涉及变更）和新监护人的共同同意。
   • 协议内容应当明确、具体，包括监护人的权利与义务、特困人员的权益保障措施等。
   • 协议签订后，最好进行公证或备案，以增加其法律效力。

3. 地方政策的遵循：

   • 在签订新协议时，必须遵循当地关于特困人员监护人确定的具体政策。例如，无锡市梁溪区的《工作指引》就提供了详细的操作指南。
   • 如果地方政策有特别要求，如需要社区、街道或民政部门的参与或批准，那么这些要求也必须得到满足。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在变更监护人前，最好与原监护人进行充分沟通，确保变更过程平和、顺利。
   • 新监护人的选择应当基于其能力、意愿以及对特困人员的关心程度。
   • 协议签订后，相关方应当定期跟踪监护情况，确保特困人员的权益得到切实保障。

总结：

在特困人员变更抚养协议的监护人时，新签订的协议（在符合法律法规和地方政策的前提下）将是有效的。为了确保协议的有效性，建议遵循当地的具体政策要求，进行充分的沟通协商，并考虑对协议进行公证或备案。同时，相关方应当定期跟踪监护情况，确保特困人员的权益得到持续保障。