针对“公司院内着火，员工发现后逃离”这一情况，处理方式需结合法律义务、公司制度及实际情境综合判断，以下是具体分析：

1. 员工是否构成“擅自逃离”需结合法定义务判断

根据《安全生产法》第五十五条，员工在发现直接危及人身安全的紧急情况时，有权立即停止作业或采取可能的应急措施后撤离作业场所，用人单位不得因此降低其工资、福利等待遇或解除劳动合同。

• 若火势已威胁人身安全：员工逃离属于法定权利，公司不得追究责任，反而需核查是否因未提供安全培训、消防设施不全等导致员工被迫自救。
  
• 若火势较小且可控制：员工未履行报告义务直接逃离，可能违反公司规章制度（如《员工手册》中“紧急情况报告流程”），但需注意：公司制度不得与法律冲突，且需通过民主程序制定并公示，否则无效。

2. 公司后续处理建议

• 立即启动应急预案：组织灭火、疏散人员、报警，并调查起火原因（如是否因设备故障、违规操作等）。
  
• 区分责任：
  
  • 对员工：若逃离行为未造成扩大损失，且符合法定撤离条件，公司不得处罚；若因逃离导致其他损失（如未关闭电源引发更大火情），可依据规章制度追究责任，但需证明因果关系。
    
  • 对管理层：若因未定期检查消防设施、未组织演练等导致员工被迫自救，可能涉及行政处罚（《消防法》第六十条）或民事赔偿。
    
• 完善制度：修订《安全生产责任制》《应急预案》，明确员工在紧急情况下的权利与义务（如“优先撤离，但需报告”），并加强培训。

3. 员工权益保护提示

• 保留证据：若公司以“擅自逃离”为由处罚，员工可提供现场照片、视频、证人证言等证明火势威胁人身安全。
  
• 申诉渠道：对处罚不服的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司行为违法。

总结：员工在生命安全受威胁时逃离无需担责，公司应优先保障员工安全而非追究责任；若火势可控，员工未报告直接逃离可能涉及违规，但需结合公司制度合法性及实际损失综合判断。建议公司以此为契机完善安全管理体系，避免类似争议。如有具体细节需进一步分析，可随时向我咨询。