结论：在交通事故中，若自身责任部分的费用没有法院判决，只有事故认定书，一般情况下不能直接使用合作医疗保险来报销这些费用，但具体还需结合保险条款和实际情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合作医疗保险的基本性质与报销范围
合作医疗保险，通常指的是城乡居民基本医疗保险或新型农村合作医疗等社会保险制度，其设计初衷是为了补偿参保人因疾病或意外伤害而产生的医疗费用。然而，这种保险的报销范围通常受到严格限制，主要覆盖的是因疾病或非第三方责任导致的意外伤害所产生的医疗费用。
二、交通事故责任与保险报销的关系
第三方责任：在交通事故中，如果责任完全在对方，那么您因事故产生的医疗费用应由对方的保险公司或责任方承担。这种情况下，您的合作医疗保险通常不会介入报销。
自身责任：如果事故认定书中明确您承担部分或全部责任，那么您因自身责任部分产生的医疗费用，理论上应由您自己承担。合作医疗保险一般不报销因自身责任导致的意外伤害医疗费用，因为这超出了其设计初衷和报销范围。
三、特殊情况与保险条款
保险条款的约定：虽然合作医疗保险通常不报销因自身责任导致的意外伤害医疗费用，但具体还需查看您所购买的保险条款。有些保险产品可能包含特定的附加条款或扩展责任，允许在特定情况下报销部分或全部费用。
无第三方赔偿的情况：如果事故中确实没有第三方可以赔偿（例如，单方事故且您承担全部责任），且您的保险条款中没有明确排除这种情况下的报销，那么您可以尝试向保险公司申请报销。但这种情况较为特殊，且报销成功的可能性较低。
四、建议与行动步骤
仔细阅读保险条款：首先，您需要仔细阅读您所购买的合作医疗保险条款，了解其报销范围、限制条件以及是否有特定附加条款或扩展责任。
咨询保险公司：如果您对保险条款有疑问或不确定是否可以报销，建议您直接联系保险公司进行咨询。他们可以根据您的具体情况和保险条款给出明确的答复。
保留相关证据：无论是否能够报销，您都应保留好与事故相关的所有证据，包括事故认定书、医疗费用发票、诊断证明等。这些证据在后续处理中可能起到关键作用。
考虑其他途径：如果合作医疗保险无法报销且您确实需要经济支持，您可以考虑通过其他途径寻求帮助，如向亲友借款、申请社会救助或寻求法律援助等。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。如果您有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的解答。