结论：不能简单认为2020年7月3日前占用耕地建住宅已完工就可以办证合法，是否合法及能否办证需分情况判断。具体分析如下：

从法律适用时间角度

1. 2020年7月3日这个时间节点与相关法律政策紧密相关。2020年7月3日，国务院发布了新修订的《土地管理法实施条例》，其中对农村村民占用耕地建住宅有新的规定和要求。但在此之前，也有一系列关于耕地保护和农村宅基地管理的法律法规在发挥作用，比如《土地管理法》等。
2. 如果村民在2020年7月3日前占用耕地建住宅的行为，在当时就符合当时的法律法规规定。例如，经过了合法的审批程序，取得了相关的用地许可等手续，那么该住宅在建成后从程序上来说是合法的，后续在符合其他条件的情况下，是有可能办理相关产权证书的。
3. 若在2020年7月3日前占用耕地建住宅时，就没有遵循当时的法律规定。比如没有经过审批，擅自占用耕地进行建设，那么这种行为本身就是违法的。即使住宅已经完工，也不能因为时间节点就使其变为合法，更不能直接办理合法证件。

从后续政策变化和整改要求角度

1. 即使村民在2020年7月3日前建的住宅在当时看似合法，但后续如果国家出台了新的政策或者对耕地保护提出了更严格的要求。相关部门可能会对该住宅进行重新审查，如果发现不符合新的规定，可能会要求进行整改，甚至在严重情况下可能会影响证件的办理或者导致已办理的证件被撤销。
2. 对于在2020年7月3日前违法占用耕地建的住宅。政府会根据实际情况采取相应的处理措施，比如责令限期拆除、恢复土地原状等。在这种情况下，显然是无法办理合法证件的。只有在按照要求进行整改，符合相关规定后，才有可能考虑后续的办证问题。

从实际办证流程和条件角度

1. 办理农村住宅的产权证书需要满足一系列的条件和流程。除了住宅建设本身的合法性外，还需要提供相关的证明材料，如宅基地使用权证明、房屋符合规划的证明等。即使住宅是在2020年7月3日前完工的，如果不能提供这些必要的材料，也无法办理证件。
2. 不同地区可能还会根据当地的实际情况制定一些具体的办证细则和要求。村民需要了解并遵守当地的规定，才能顺利办理证件。

所以，不能仅仅依据2020年7月3日前占用耕地建住宅已完工就判断可以办证合法。如果你有进一步的疑问或者实际情况比较复杂，可以直接向我咨询。