结论：村领导占用耕田建房并已办证的行为是否违法，需根据具体情况判断，但一般情况下，未经合法审批占用耕地建房并办证的行为涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
耕地保护原则：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，耕地是受到严格保护的资源，未经依法批准，任何单位和个人不得擅自改变其用途。
宅基地与耕地的区别：
- 宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，而耕地则是用于农业生产的土地。两者性质不同，用途各异，不能随意转换。
建房审批程序：
- 在农村地区，建房通常需要经过严格的审批程序，包括向相关部门提交申请、提供土地证明、规划许可等文件，并经过审核批准后方可动工建设。
二、村领导占用耕田建房并办证的行为分析
未经审批占用耕地：
- 如果村领导未经合法审批程序，擅自占用耕地建房，这一行为明显违反了土地管理法的规定，属于非法占用土地。
办证过程的合法性：
- 即便村领导后续办理了相关证件，但如果这些证件的办理过程存在违法违规行为（如伪造文件、贿赂审批人员等），则这些证件也是无效的，不能作为合法建房的依据。
- 如果证件办理过程合法，但基于非法占用的耕地这一事实，该证件的合法性也会受到质疑，因为证件的颁发应当基于合法的土地使用和建房行为。
可能的法律后果：
- 非法占用耕地的行为可能面临行政处罚，包括罚款、责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。
- 如果情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。
三、特殊情况与例外
历史遗留问题：
- 在某些地区，可能存在历史遗留的宅基地与耕地混用的情况。对于这类问题，需要依据当地的具体政策和法规进行处理，不能一概而论。
政策调整与变更：
- 如果村领导占用耕田建房的行为发生在政策调整或变更期间，且该行为符合当时政策或法规的规定，则可能不构成违法。但这种情况较为罕见，且需要具体证据支持。
四、建议与行动
核实证件合法性：
- 如果您怀疑村领导占用耕田建房并办证的行为违法，首先可以核实相关证件的合法性，包括证件的颁发机构、颁发程序等。
咨询相关部门：
- 您可以向当地土地管理部门、规划部门或农业部门咨询相关政策法规和审批程序，以获取更准确的信息和指导。
寻求法律援助：
- 如果您认为自己的权益受到侵害，或者发现村领导的行为确实违法，可以寻求法律援助或向相关部门举报，以维护自己的合法权益和公共利益。
最后，如果您在房产问题（包括农村土地和宅基地）方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。