结论：设施农用地擅自改为加工厂，其拆除依据主要来源于对土地用途的严格管制以及相关法律法规的明确规定。具体来说，这种擅自改变土地用途的行为违反了土地管理的基本原则和相关法律法规，因此面临被拆除的风险。

详细分析：

1. 土地用途管制原则：

   • 根据我国土地管理的基本原则，土地用途受到严格管制。农用地，特别是设施农用地，有其特定的使用目的和范围，主要用于农业生产活动。
   • 擅自将设施农用地改为加工厂，明显改变了土地的原定用途，违反了土地用途管制原则。

2. 相关法律法规：

   • 《中华人民共和国土地管理法》：该法明确规定了土地用途管制制度，要求土地使用者必须按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。擅自改变土地用途的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令交还土地，处以罚款，并可能面临拆除地上建筑物、构筑物的风险。
   • 《中华人民共和国城乡规划法》：该法也涉及对土地使用的规划和管理，对于违反城乡规划进行建设的行为，同样规定了相应的处罚措施，包括拆除。

3. 行政处罚与拆除程序：

   • 当发现设施农用地被擅自改为加工厂时，相关部门（如自然资源主管部门、城乡规划部门等）会进行调查取证，确认违法事实。
   • 随后，会依法作出行政处罚决定，要求违法者限期改正、恢复土地原状或拆除地上建筑物、构筑物。
   • 如果违法者拒不执行处罚决定，相关部门有权依法申请人民法院强制执行，对违法建筑进行拆除。

4. 法律后果与责任：

   • 擅自改变设施农用地用途的行为不仅可能导致建筑物被拆除，还可能面临罚款等行政处罚。
   • 如果该行为造成了土地资源的破坏或环境污染等严重后果，违法者还可能承担刑事责任。

建议与行动：

• 立即停止违法行为：如果您或他人正在擅自将设施农用地改为加工厂，应立即停止这一行为，避免进一步的法律后果。
• 恢复土地原状：在可能的情况下，应尽快恢复土地的原定用途和原状，以减少损失和法律风险。
• 咨询专业律师：如果您对相关法律法规或行政处罚决定有疑问或不满，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。

总之，设施农用地擅自改为加工厂是违反土地管理法律法规的行为，面临被拆除的风险。因此，建议严格遵守土地用途管制原则和相关法律法规，避免不必要的法律纠纷和损失。