您好，关于设施农用地的处罚依据，这主要涉及到设施农用地的管理规定以及相关的土地管理法律法规。以下是我为您详细梳理的处罚依据和相关情况：

首先，我们需要明确什么是设施农用地。根据《国土资源部、农业部关于进一步支持设施农业健康发展的通知》等相关文件，设施农用地是指设施农业项目区域内直接用于经营性养殖的畜禽舍、工厂化作物栽培或水产养殖的生产设施用地、附属设施用地和配套设施用地，以及农村宅基地以外的晾晒场等农业设施用地。这些用地按农用地进行管理，不需办理农用地转用审批手续，但并不意味着可以随意使用或改变用途。

接下来，我们来看处罚依据：

1. 未办理设施农用地手续：

   • 如果确实属于设施农业项目，但未办理设施农用地手续的，相关部门会责令当事人限期完善手续。
   • 如果拒不办理，其附属设施用地、配套设施用地等改变农用地性质的部分，将视为违法建设用地，并依照《土地管理法》等相关规定依法查处。

2. 超过规定比例和面积标准：

   • 已经办理设施农用地使用手续的，但如果附属设施用地、配套设施用地超过规定比例和面积标准的，超过部分改变农用地性质的同样属于违法建设用地。
   • 相关部门会责令限期改正，拒不改正的，将按照违法用地依法查处。

3. 擅自改变用途从事非农业建设：

   • 如果以设施农业项目建设为名擅自改变用途从事非农业建设占用土地的，这同样属于违法建设用地。
   • 相关部门会依法严肃查处，包括责令恢复原状、罚款等措施。

4. 特定用地类型的管理：

   • 需要注意的是，设施农业项目建设中涉及的某些特定用地类型，如经营性粮食存储、加工和农机农资存放、维修场所，以及以农业为依托的休闲观光度假场所等，这些用地应当按建设用地进行管理，并依法办理建设用地审批手续。
   • 如果未依法办理审批手续而擅自使用这些用地的，同样属于违法建设用地，并会受到相应的处罚。

以您提到的案例为例，查某某在未办理任何用地手续的情况下，擅自在林地上修路、建养殖场，这明显违反了设施农用地的管理规定。武穴市自然资源和规划局对其进行了罚款，并责令其恢复原状。然而，查某某并未履行恢复原状的义务，而武穴市自然资源和规划局也未再依法督促其履行，这是不正确的。根据相关规定，对于此类违法行为，相关部门应继续依法履行职责，确保被破坏的林地得到恢复。

综上所述，设施农用地的处罚依据主要涉及到未办理手续、超过规定比例和面积标准、擅自改变用途从事非农业建设以及特定用地类型的管理等方面。相关部门在执法过程中应严格按照这些依据进行查处，确保设施农用地的合法、合规使用。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。