设施农用地违法建设一般由县级以上地方人民政府责成有关部门或者乡、镇人民政府依法组织强制拆除。以下是对此问题的详细分析：
一、强制拆除的主体
县级以上地方人民政府责成的有关部门：
- 这通常包括规划管理部门、土地方案管理部门、建设主管部门以及城市管理机构等。这些部门在各自的职责范围内，对违法建设进行认定和管理，并在必要时组织强制拆除。
乡、镇人民政府：
- 在乡、村庄规划区内，如果未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设，乡、镇人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以组织拆除。
二、强制拆除的法律依据
- 《中华人民共和国城乡规划法》：
- 该法规定了对于未经批准进行临时建设、未按照批准内容进行临时建设、临时建筑物超过批准期限不拆除等行为，城乡规划主管部门有权责令限期拆除，并可以处以罚款。如果当事人不停止建设或者逾期不拆除，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
三、强制拆除的程序
认定违法建设：
- 相关部门需要依据相关法规来认定设施农用地上的建设是否违法。这通常涉及对建设规划、土地使用等方面的审查。
责令限期拆除：
- 一旦认定建设违法，相关部门会向违法建设者发出责令限期拆除的通知。
组织强制拆除：
- 如果违法建设者在规定的期限内没有自行拆除，相关部门有权组织强制拆除。在强制拆除前，通常会进行现场公证和证据保全，以确保拆除过程的合法性和公正性。
四、注意事项
合法性：
- 强制拆除必须依法进行，相关部门在执法过程中必须严格遵守相关法律法规，确保整个过程的公平、合法性和权威性。
程序正当性：
- 强制拆除前，相关部门需要履行必要的程序，如发出责令限期拆除的通知、进行现场公证和证据保全等。这些程序旨在保护违法建设者的合法权益，避免不必要的纠纷和损失。
建议：如果您面临设施农用地违法建设的问题，建议及时与相关部门沟通，了解具体的违法情况和处理方式。同时，也可以咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和帮助。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律服务。