公司与职工协议解除劳动合同的程序，主要遵循以下步骤，以确保双方权益得到保障：

1. 提出协商意向：

   • 动议方：劳动合同双方中的任意一方（公司或职工）均可首先提出解除劳动合同的意向。这通常基于双方协商一致的原则，可能因个人发展、公司战略调整等原因而触发。
   • 动议内容：在提出意向时，应初步明确协商的主要内容，如解除劳动合同的时间、经济补偿方案等，为后续协商奠定基础。

2. 进行协商沟通：

   • 安排协商会议：双方应安排时间进行面对面的协商会议，就解除劳动合同的具体事宜进行深入讨论。
   • 充分表达意见：在协商过程中，双方应充分表达自己的意见和诉求，确保信息透明、沟通顺畅。
   • 寻求共识：通过协商，双方应努力寻求共识，就解除劳动合同的各项条款达成一致意见，包括但不限于经济补偿的支付标准及支付方式、工作交接的安排等。

3. 签订协议文本：

   • 起草协议：在协商一致的基础上，双方应共同起草一份书面的《解除劳动合同协议书》。该协议应详细列明双方的权利和义务、解除劳动合同的日期、经济补偿方案等内容。
   • 审核协议：协议起草完成后，双方应仔细审核协议内容，确保无误并符合法律法规的要求。
   • 签字盖章：经双方确认无误后，应在协议上签字并加盖公章（如为公司方），以表示对协议的认可和接受。

4. 办理工作交接：

   • 确定交接事项：职工应按照公司的要求，办理工作交接手续。这包括整理工作资料、归还公司财物、移交工作权限等。
   • 完成交接：双方应确保交接过程顺利、完整，避免后续产生纠纷。公司应安排专人负责接收交接物品，并签署交接清单。

5. 结算薪资与经济补偿：

   • 核算薪资：公司应按照法律规定和协议约定，为职工核算并发放截至解除劳动合同之日的工资及应得收入。
   • 支付经济补偿：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司应向职工支付经济补偿。经济补偿的标准按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 出具证明：公司还应向职工出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为职工办理档案和社会保险关系转移手续。

6. 后续事项处理：

   • 社保公积金停缴：公司应及时为职工办理社会保险和住房公积金的停缴手续。
   • 争议解决机制：若双方在协议履行过程中发生争议，应首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以依法申请调解、仲裁或提起诉讼。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。若用人单位提出解除并与劳动者协商一致的，还需依照法律规定向劳动者支付经济补偿。

总结与建议： 在整个协议解除劳动合同的过程中，双方应遵循平等、自愿、公平的原则，确保各自的权益得到保障。同时，双方也应妥善保管好相关证明材料，以备后续可能的权益维护之需。建议在协商过程中，双方可寻求专业法律人士的帮助，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。