结论：执法部门已对建设单位未办理建设用地规划许可证进行处罚，并不意味着免除对其未办理建设工程规划许可证行为的处罚。两者是独立的违法行为，应分别受到相应的法律制裁。

详细分析：

1. 法律行为的独立性：

   • 建设用地规划许可证与建设工程规划许可证是两个不同的行政许可，分别对应着土地使用和工程建设的不同阶段和要求。未办理建设用地规划许可证，主要涉及土地使用的合法性问题；而未办理建设工程规划许可证，则直接关联到工程建设的合法性和规划实施的影响。
   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，是独立的违法行为，应依法受到处罚。

2. 处罚的累积性：

   • 执法部门对建设单位未办理建设用地规划许可证的处罚，是基于该违法行为的独立性和严重性。但这并不排除对建设单位其他违法行为的处罚，包括未办理建设工程规划许可证的行为。
   • 如果建设单位同时存在未办理建设用地规划许可证和未办理建设工程规划许可证两种违法行为，执法部门有权分别对其进行处罚，或者根据违法行为的关联性和严重性，综合考量后作出处罚决定。

3. 具体处罚措施：

   • 对于未办理建设工程规划许可证的行为，根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条的规定，城乡规划主管部门可以责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

法律建议：

• 建设单位在进行任何建设活动之前，应务必确保已取得所有必要的行政许可，包括建设用地规划许可证和建设工程规划许可证等。这不仅是遵守法律的要求，也是保护自身权益、避免不必要损失的重要途径。
• 如果建设单位已经因未办理建设用地规划许可证而受到处罚，应立即停止相关违法行为，并尽快办理建设工程规划许可证等必要手续，以避免进一步的法律风险和损失。
• 在面对执法部门的处罚时，建设单位应积极配合调查和处理工作，如实提供相关证据和信息，以便执法部门准确判断违法行为的性质和严重程度，并作出公正合理的处罚决定。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。