建设工程投入使用后发现未领施工许可证，确实可能需要执法部门进行处罚。以下从法律背景、法律建议及可能的法律后果几个方面进行详细分析：
法律背景：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第七条第一款，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。
- 《建筑工程施工许可管理办法》第二条也明确规定，在中华人民共和国境内从事各类房屋建筑及其附属设施的建造、装修装饰和与其配套的线路、管道、设备的安装，以及城镇市政基础设施工程的施工，建设单位在开工前应当申请领取施工许可证。
- 若未取得施工许可证擅自施工，根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，并对建设单位和施工单位处以罚款。
法律建议：
- 对于已经投入使用但未领取施工许可证的建设工程，建设单位应尽快向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请补办施工许可证，以避免可能的法律风险和处罚。
- 同时，建设单位应加强对建设工程的管理，确保所有手续齐全，避免因手续不全导致停工、罚款等后果。
可能的法律后果：
- 若执法部门发现建设工程未领取施工许可证而擅自施工，有权责令停止施工，限期改正，并对建设单位和施工单位处以罚款。罚款金额根据工程合同价款的一定比例确定，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款，对施工单位处3万元以下罚款。
- 此外，未取得施工许可证擅自开工还可能影响工程质量和安全，甚至引发法律纠纷。因此，建设单位应高度重视施工许可证的办理工作，确保工程合法合规进行。
综上所述，建设工程投入使用后发现未领施工许可证，确实可能需要执法部门进行处罚。建设单位应尽快补办施工许可证，并加强对建设工程的管理，以避免可能的法律风险和处罚。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。