结论前置：检察院以事实不清、证据不足不起诉后，行政机关是否还能处罚，取决于当事人的行为是否违反行政管理秩序以及是否有充分证据支持行政处罚的决定。若存在行政违法行为且有确凿证据，行政机关可依法给予行政处罚；反之，则不应进行行政处罚。

详细分析：

1. 检察院不起诉与行政处罚的独立性：

   • 检察院的不起诉决定是针对刑事责任的，它并不直接涉及行政责任。刑事责任和行政责任是两种独立的法律责任，各自有独立的法律依据和程序规定。因此，即使检察院因事实不清、证据不足而决定不起诉，行政机关仍然有可能依据相关行政法规对当事人进行行政处罚。

2. 可能给予行政处罚的情况：

   • 行政违法行为的独立性：即便刑事证据不足以支持起诉，但若当事人的行为违反了行政管理秩序，且有证据证明其违反了相关行政法规（如市场监管、税务、环保等部门的管理规定），行政机关仍可依据相关法律法规对其进行行政处罚。例如，某企业因涉嫌环境污染被检察院以证据不足不起诉，但环保部门根据现场勘查和监测数据，认定该企业存在超标排放等违法行为，仍可依法给予行政处罚。
   • 公安机关的裁量权：在检察院决定证据不足不起诉后，如果公安机关认为有必要，且当事人的行为符合行政违法的条件，可以依法给予行政处罚。行政处罚与刑事处罚是独立的两种法律制裁方式，其标准和程序各不相同。公安机关在行使裁量权时，需确保有充分证据支持行政处罚的决定。

3. 不给予行政处罚的情况：

   • 无行政违法行为：如果没有证据证明当事人的行为违反了行政管理秩序，即使在刑事诉讼中因证据不足而被不起诉，行政机关也不能对其进行行政处罚。行政处罚必须遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，确保处罚的合法性和合理性。
   • 检察院的不起诉决定书：检察机关作出证据不足不起诉决定后，会将不起诉决定书送达相关行政机关。行政机关应根据具体情况进行审查，若无证据表明当事人存在行政违法行为，则不会给予行政处罚。这体现了行政机关与检察机关之间的相互制约和监督机制。

4. 后续发展对行政处罚的影响：

   • 如果检察院初因证据不足决定不起诉，但后续证据得到补充并达到起诉标准，公安机关决定重新起诉，此前给予的行政处罚不会影响后续的刑事诉讼。因为行政处罚和刑事处罚针对的是不同的违法行为，两者互不干扰。但需要注意的是，如果行政处罚已经执行完毕，且后续刑事诉讼中当事人被认定有罪，那么行政处罚和刑事处罚可能会并处，具体取决于相关法律法规的规定和案件的具体情况。

法律建议：

• 对于当事人而言，如果面临检察院以事实不清、证据不足不起诉的情况，应关注自己的行为是否违反了行政管理秩序，并咨询专业律师以了解可能面临的行政处罚风险。
• 对于行政机关而言，在决定是否给予行政处罚时，应确保有充分证据支持处罚决定，并遵循相关法律法规的规定和程序要求。同时，行政机关应与检察机关保持密切沟通，确保案件处理的合法性和合理性。

总结：

检察院以事实不清、证据不足不起诉后，行政机关是否还能处罚取决于多种因素。每个案件都有其独特性，应具体分析并依法作出决定。如果当事人或行政机关对案件处理存在疑问或争议，建议直接向我咨询以获取更准确的法律意见和帮助。