合同中运输方式与实际不同，合同本身仍然有效，但可能涉及违约责任或合同变更的问题。以下从不同角度进行分析：

1. 合同效力的基本原则：

   • 合同的效力主要取决于合同双方的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。运输方式作为合同的一部分，其与实际不符并不直接导致合同无效，除非该运输方式的选择是合同成立或效力的关键条件，且双方对此有明确约定。

2. 违约责任的角度：

   • 如果合同中明确约定了运输方式，而实际履行时未按照约定方式进行，这可能构成违约行为。根据《民法典》的相关规定，违约方应承担违约责任，包括但不限于继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。因此，尽管合同有效，但违约方可能因未按照约定运输方式履行而面临法律责任。

3. 合同变更的角度：

   • 在某些情况下，合同双方可能因实际需要或客观情况的变化而协商变更运输方式。如果双方达成一致意见并签订书面变更协议，那么原合同中的运输方式条款将被新条款所替代。这种情况下，合同仍然有效，只是部分内容发生了变更。

4. 实际履行与合同约定的差异处理：

   • 如果实际运输方式与合同约定存在差异，但并未影响合同目的的实现，且双方对此均无异议，那么可以视为双方以实际行为对合同进行了变更。然而，如果这种差异导致了合同目的无法实现或一方利益受损，受损方有权要求违约方承担相应的法律责任。

建议：

• 对于合同双方而言，一旦发现运输方式与实际不符，应及时沟通并协商解决方案。如果涉及违约责任，应明确责任归属并协商赔偿事宜；如果涉及合同变更，应签订书面变更协议以明确双方权利义务。
• 在签订合同时，应尽可能明确运输方式等关键条款，以避免后续纠纷的发生。同时，在合同履行过程中，双方应严格按照约定履行义务，确保合同目的的实现。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。