当货运合同因货物性质等原因被认定为无效时，我们需要依据《民法典》的相关规定，来合理、公正地处理后续事宜，确保双方当事人的权益得到妥善保护。以下是对这一问题的详细解答：

一、合同无效的原因及法律后果

首先，我们要明确合同无效的原因。根据《民法典》，合同无效可能由于合同主体不具备相应的民事行为能力、合同内容违反法律法规的强制性规定（如运输违禁品）、合同违背公序良俗等原因。一旦合同被认定为无效，它自始就没有法律约束力，双方需按照法律规定来处理后续事宜。

二、处理办法

1. 返还财产

   • 货物返还：如果托运人已经将货物交付给承运人，在合同无效的情况下，承运人应当返还货物。货物应保持交付时的状态，若货物在运输过程中损坏或灭失，承运人可能需要承担赔偿责任。

   • 运费返还：如果托运人已经支付了运费，由于合同无效，承运人应当退还运费，因为其基于无效合同取得的运费没有合法依据。

2. 折价补偿

   • 当货物无法原物返还（如全部灭失或性质特殊难以原物返还）或没有必要返还（如已被使用、加工或到达目的地且托运人同意接收）时，应当进行折价补偿。货物价值可以参考购买价格、市场价格等因素来确定。

3. 赔偿损失

   • 一方过错：如果合同无效是由于一方的过错导致的，比如承运人隐瞒不具备危险货物运输资质，那么过错方需要赔偿对方因此遭受的损失，包括货物损失、额外支出费用等。

   • 双方过错：如果双方对合同无效均有过错，那么应根据各自过错程度分担损失。例如，可以根据过错比例来分配因合同无效所造成的损失。

三、特殊情况处理

1. 承运人资格问题

   • 如果承运人在完成运输任务前取得了从事货运业务的资格，对方当事人请求按无效合同处理的，通常不予支持。但承运人未能完成任务时，仍需承担损害赔偿责任。

2. 部分无效与整体无效

   • 货运合同中仅部分条款无效时，其他符合法律规定的部分仍然有效。只有当整个合同被确认为无效时，才适用上述处理办法。

四、争议解决方式

1. 协商：双方应首先尝试通过沟通协商解决争议，以节省时间和成本，并保持合作关系。

2. 调解：如果协商不成，可以请求有关部门或第三方调解机构进行调解。

3. 仲裁或诉讼：如果调解无果，可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议申请仲裁；如果没有仲裁协议，可以向人民法院提起诉讼。

五、建议与预防措施

为了避免类似情况再次发生，建议在签订货运合同时务必谨慎审查合同条款，确保其合法性和有效性。特别是要关注货物的性质、运输要求以及承运人的资质等关键信息。如有需要，可以咨询专业律师进行把关和指导。

综上所述，处理因货物性质导致的运输合同无效问题，需要严格遵循《民法典》的相关规定，并结合实际情况采取合理的处理措施。希望以上解答能对您有所帮助。