核心结论：遇到保证金合作商私户转给公户但公司不承认的情况，您可以从收集证据、协商沟通、法律途径等角度来维护自身权益。以下是具体分析：
收集并固定证据
- 转账凭证：这是最直接且关键的证据。您需要获取从合作商私人账户向公司公户转账的银行流水记录，确保该记录清晰显示转账双方账户信息、转账金额、转账时间等关键要素。如果可能的话，让银行在流水记录上加盖业务章，以增强其证明力。
- 合作协议或相关约定：查找是否有书面或口头的合作协议，其中明确约定了保证金的相关事宜，包括保证金的金额、支付方式、支付账户等。如果是口头约定，尽量寻找能够证明该约定的证人，如参与协商过程的其他人员。
- 沟通记录：保存与公司之间关于保证金转账事宜的所有沟通记录，包括邮件、短信、微信聊天记录等。这些记录可能包含公司对转账行为的认可或相关指示，有助于证明转账是经过公司同意或知晓的。
与公司协商沟通
- 书面沟通：在收集到一定证据后，您可以先以书面形式（如律师函或正式函件）与公司进行沟通。在函件中，详细陈述保证金转账的事实，附上相关证据，并明确要求公司承认该笔转账为保证金，并按照约定履行相应义务。书面沟通具有正式性和留痕性，能够引起公司的重视。
- 面对面协商：如果书面沟通效果不佳，您可以尝试与公司相关负责人进行面对面协商。在协商过程中，保持冷静和理性，以证据为依据，阐述自己的诉求和理由，争取达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律途径解决
- 民事诉讼：如果协商无果，您可以考虑向法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需要向法院提交上述收集到的证据，以证明公司确实收到了保证金但拒绝承认。法院将根据证据和法律规定进行审理，并作出公正的判决。如果判决支持您的诉求，公司将被要求履行相应义务，如返还保证金、支付违约金等。
- 申请财产保全：在提起诉讼的同时，如果您担心公司可能会转移财产以逃避履行义务，您可以向法院申请财产保全。法院将依法对公司的相关财产进行查封、冻结或扣押，以确保判决能够得到有效执行。
考虑其他因素
- 合作商的责任：如果保证金转账是合作商的操作，您也需要考虑合作商在此事中的责任。如果合作商存在过错或故意隐瞒等情况，您可能需要根据与合作商之间的约定或法律规定，向合作商追究相应责任。
- 公司内部管理问题：公司不承认保证金转账可能是由于内部管理混乱或相关人员故意隐瞒等原因导致的。在处理此事时，您可以尝试了解公司内部的管理情况，以便更好地制定应对策略。