在停业整顿期间擅自经营烟草制品，将面临行政处罚，情节严重者可能承担刑事责任。具体分析如下：
行政处罚层面：
- 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，未取得烟草专卖零售许可证或超出许可范围经营烟草制品的，由烟草专卖行政主管部门责令停止经营，没收违法所得，并处以罚款。
- 在停业整顿期间擅自经营，属于“无证经营”或“超范围经营”的范畴，烟草专卖部门可依据上述法规进行处罚，罚款金额通常根据违法经营总额的一定比例（如20%至50%）确定，具体比例由地方性法规细化。
- 若原经营许可已被吊销或暂扣，擅自经营还可能涉及“未重新申领许可证即经营”的违规行为，处罚力度可能加重。
刑事责任层面：
- 若擅自经营行为情节严重（如违法经营数额较大、多次违规、拒不整改等），可能触犯《中华人民共和国刑法》中的“非法经营罪”。根据《刑法》第二百二十五条，非法经营情节严重的，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或没收财产。
- 司法实践中，“情节严重”的认定通常结合违法经营数额（如个人非法经营数额在5万元以上，或违法所得数额在2万元以上）、经营次数、持续时间等因素综合判断。
其他法律后果：
- 擅自经营期间销售的烟草制品若存在质量问题（如假冒伪劣），还可能涉及《消费者权益保护法》《产品质量法》中的欺诈或产品质量责任，需承担赔偿消费者损失等民事责任。
- 若经营行为涉及走私烟草制品，则可能同时触犯《刑法》中的“走私普通货物、物品罪”，面临更严厉的刑事处罚。
建议：若已收到停业整顿通知，应立即停止经营行为，配合相关部门调查，并在整顿期满后按程序申请恢复经营。若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。