在烟草许可证停业整顿期间发生违法行为的处理方式，需结合具体违法情形、停业整顿的性质及法律规定综合判断。以下是分情况说明：

1. 若违法行为与烟草经营直接相关（如擅自恢复经营、销售非法烟草制品等）

   • 行政处罚加重：根据《烟草专卖许可证管理办法》第四十四条，持证人被责令停业整顿期间仍从事违法经营活动的，烟草专卖局可取消其从事烟草专卖业务的资格，并处以罚款（通常为违法经营总额20%以上50%以下）。
     
   • 刑事责任风险：若违法行为构成犯罪（如非法经营罪、销售伪劣产品罪），将依法追究刑事责任，且停业整顿期间的行为可能被认定为“情节严重”的加重情节。
     
   • 程序衔接：烟草专卖局在查处时，会先固定违法证据（如监控录像、销售记录），再根据违法情节决定是直接处罚还是移送司法机关。

2. 若违法行为与烟草经营无关（如消防违规、环保不达标等）

   • 分别处理原则：烟草专卖局仅对烟草相关违法行为有管辖权，其他领域的违法由对应部门（如消防、环保）处理。但若该违法行为导致停业整顿条件丧失（如消防整改未达标却擅自营业），烟草专卖局可延长停业整顿期限或直接吊销许可证。
     
   • 联合惩戒：部分地区实行“一业一查”联合监管机制，若企业因非烟草违法被列入严重失信名单，可能间接影响烟草许可证的续期或变更。

3. 特殊情形：停业整顿期间被举报历史违法

   • 追溯处理：若举报的违法行为发生在停业整顿前，且未超过行政处罚追溯时效（通常为2年），烟草专卖局仍可立案查处，但处罚结果（如罚款）可能与停业整顿措施合并执行。
     
   • 证据要求：需有充分证据证明历史违法行为（如进货单据、证人证言），否则可能因证据不足不予处罚。

实务建议：

• 停业整顿期间应彻底停止一切经营活动，包括线上销售、代存代售等擦边行为。
  
• 若收到其他部门的处罚通知，需及时告知烟草专卖局，避免因信息不对称导致许可证被误处理。
  
• 对处罚决定不服的，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。
  

如有具体案件细节（如违法类型、停业整顿原因等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规提供更精准的分析。