关于烟草责令停业整顿的程序，以下是根据相关法律法规及实践经验的详细解答：
一、责令停业整顿的法律依据
根据《烟草专卖许可证管理办法》第四十五条，发证机关在特定情形下可以责令持证人暂停烟草专卖业务、进行整顿，直至取消其从事烟草专卖业务的资格。这些情形包括但不限于：经检查不符合烟草专卖法、烟草专卖法实施条例及本办法规定条件的；买卖、出租、出借或者以其他形式非法转让烟草专卖许可证的；因违法生产经营烟草专卖品1年内被烟草专卖行政主管部门或者其他执法机关处罚2次以上的等。
二、责令停业整顿的程序
立案调查：
- 当发现持证人有相应涉嫌违法行为时，烟草专卖行政主管部门应当立案调查。
调查取证：
- 对持证人不符合烟草专卖法律法规及其他相关规定条件的情况及违法事实进行调查，收集充分证据。
- 调查结束后，由承办人员制作调查终结报告，提出初步处理意见，报部门负责人审核。
告知与听证：
- 在作出取消持证零售户从事烟草专卖零售业务资格的决定前，应先告知持证人其享有要求听证的权利。
- 根据当事人的申请，依照法定程序和时限举行听证。
审批与决定：
- 履行事先处理告知程序后，制作《处理意见审批表》，报行政机关负责人审批。
- 及时制作并送达相关处理决定书，明确停业整顿的期限和要求。
执行与监督：
- 持证人应按照处理决定书的要求，立即停止烟草专卖业务，进行整顿。
- 烟草专卖行政主管部门将对整顿情况进行监督，确保整顿措施得到有效执行。
- 整顿结束后，烟草专卖行政主管部门应及时提出恢复营业或取消其烟草专卖零售业务资格的意见，报本单位行政机关负责人审批。
后续处理：
- 对于整顿合格的持证人，可以恢复其烟草专卖业务。
- 对于整顿不合格或未按要求进行整顿的持证人，将取消其烟草专卖零售业务资格，并依法收回烟草专卖零售许可证正、副本。
三、责令停业整顿期间的注意事项
- 停业整顿期间，持证人不得开展任何烟草制品经营业务。
- 烟草专卖行政主管部门将对持证人的经营场所进行封存，并定期检查整顿情况。
- 持证人应妥善保管封存的烟草制品，避免受潮等损失。
四、法律后果
- 如持证人未按规定进行停业整顿或整顿不合格，将面临延期整顿、取消烟草专卖零售业务资格等法律后果。
- 对于情节严重的违法行为，还可能面临更严厉的行政处罚或刑事责任追究。
综上所述，烟草责令停业整顿是一个严格的法律程序，涉及立案调查、调查取证、告知与听证、审批与决定、执行与监督以及后续处理等多个环节。持证人应严格遵守相关法律法规和整顿要求，确保整顿措施得到有效执行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。