结论前置：竞业费停发后，是否还能追究违约金，这主要取决于双方签订的竞业限制协议中的具体条款以及实际情况，但一般情况下，竞业费停发并不影响追究违约金的权利。以下从多个角度进行详细分析：
一、竞业限制协议的基本性质
竞业限制协议是用人单位与劳动者之间就劳动者在离职后一定期限内不得从事与原用人单位有竞争关系的工作或业务所达成的协议。这种协议通常包含两部分内容：一是竞业限制义务，即劳动者在离职后需遵守的竞业限制规定；二是经济补偿，即用人单位为补偿劳动者因遵守竞业限制义务而可能遭受的损失而支付的费用。
二、竞业费停发与违约金的关系
协议独立性原则：竞业限制协议中的竞业限制义务与经济补偿是两个相对独立的部分。经济补偿的支付是用人单位对劳动者遵守竞业限制义务的一种补偿，而违约金的设定则是对劳动者违反竞业限制义务的一种惩罚。因此，竞业费的停发并不直接导致违约金条款的失效。
违约金条款的效力：只要竞业限制协议中的违约金条款是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款就是有效的。即使用人单位停发了竞业费，劳动者如果违反了竞业限制义务，用人单位仍然有权依据协议中的违约金条款追究劳动者的违约责任。
三、实际操作中的注意事项
协议条款的明确性：在签订竞业限制协议时，双方应明确约定竞业限制的范围、期限、经济补偿的支付方式和标准以及违约金的数额和支付方式等关键条款。这样，在发生争议时，双方可以依据协议条款进行协商或诉讼。
经济补偿的合理性：经济补偿的数额应合理，能够真正补偿劳动者因遵守竞业限制义务而可能遭受的损失。如果经济补偿过低，劳动者可能会认为协议显失公平而拒绝履行竞业限制义务，甚至可能引发劳动争议。
违约金的合理性：违约金的数额也应合理，不能过高或过低。过高的违约金可能会被视为对劳动者的不公平惩罚，而过低的违约金则可能无法起到惩罚和威慑的作用。在设定违约金时，双方应充分考虑劳动者的实际损失、用人单位的预期利益以及行业的竞争状况等因素。
四、特殊情况下的处理
如果用人单位停发竞业费是因为劳动者违反了竞业限制协议中的其他条款（如未按时报告就业情况等），且这种停发行为在协议中有明确约定且符合法律规定，那么用人单位在追究违约金时可能会面临一定的法律风险。但如果停发竞业费与劳动者违反竞业限制义务无直接关联，或者停发行为本身违反了法律规定或协议约定，那么用人单位仍然有权追究劳动者的违约责任。
建议：在实际操作中，如果用人单位或劳动者遇到竞业费停发与违约金追究的问题，建议首先查阅双方签订的竞业限制协议，了解协议中的具体条款和约定。如果协议中有明确规定，则按照协议执行；如果协议中没有明确规定或存在争议，则建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的解答。