结论：公司对仓管员收货没货单直接登记入库的行为进行处罚是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、员工行为性质及处罚程序等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 如果公司规章制度中明确规定了收货必须凭货单登记入库，且对违反此规定的行为设定了相应的处罚措施，那么该规章制度在合法有效的前提下，可以作为公司处罚员工的依据。
规章制度执行：
- 即使规章制度合法有效，公司在执行时也需确保程序公正、合理。例如，处罚前应给予员工陈述和申辩的机会，处罚决定应书面通知员工等。
- 如果公司未按照规章制度规定的程序进行处罚，或者处罚措施明显不合理，员工有权提出异议，并可能通过法律途径维护自己的权益。
二、员工行为性质的角度
违规行为认定：
- 仓管员收货没货单直接登记入库，如果违反了公司规章制度或行业操作规范，可以认定为违规行为。
- 但需注意，违规行为的认定应基于事实和证据，不能仅凭主观臆断或猜测。
违规行为后果：
- 违规行为的后果也是判断处罚是否合法的重要因素。如果违规行为未给公司造成实际损失或影响较小，公司处罚过重可能不合法。
- 反之，如果违规行为给公司造成了重大损失或严重影响，公司有权根据规章制度进行相应处罚。
三、处罚程序的角度
处罚程序合法性：
- 公司在对员工进行处罚时，必须遵循法定程序，如告知员工违规事实、听取员工陈述和申辩、作出处罚决定并书面通知员工等。
- 如果公司未按照法定程序进行处罚，员工有权拒绝接受处罚，并可能通过法律途径维护自己的权益。
处罚措施合理性：
- 处罚措施应与违规行为的性质、情节及后果相适应，不能过重或过轻。
- 如果公司处罚措施明显不合理，如对轻微违规行为给予严厉处罚，或者对严重违规行为仅给予轻微处罚，都可能引发法律争议。
四、建议与风险提示
对于公司：
- 建议公司完善规章制度，明确收货流程、违规行为及处罚措施，并确保规章制度合法有效且经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 在执行处罚时，应遵循法定程序，确保处罚措施合理、公正。
对于员工：
- 如果员工认为公司处罚不合法或不合理，可以与公司沟通协商，要求公司重新考虑处罚决定。
- 如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司对仓管员收货没货单直接登记入库的行为进行处罚是否合法，需综合考虑公司规章制度、员工行为性质及处罚程序等因素。如果公司规章制度合法有效、员工行为确实违规且处罚程序合法合理，那么公司处罚是合法的；反之，则可能不合法。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。