结论：监理工程师在变更注册单位时，住建部门是否会查刑事处罚记录，这主要取决于具体的法律法规要求以及住建部门的实际操作流程。一般来说，如果相关法律法规或部门规章明确要求住建部门在审核监理工程师注册变更时需查询刑事处罚记录，那么住建部门会进行查询；反之，则可能不会主动查询。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
相关法律法规：监理工程师的注册及变更注册通常受到《中华人民共和国建筑法》、《注册监理工程师管理规定》等相关法律法规的规范。这些法律法规可能规定了监理工程师注册的条件、程序以及变更注册的要求。
刑事处罚记录的影响：如果相关法律法规明确规定，具有刑事处罚记录的人员在一定期限内或永久不得从事监理工程师职业，或者需要在注册时披露刑事处罚记录，那么住建部门在审核变更注册时，很可能会要求申请人提供无犯罪记录证明或进行刑事处罚记录的查询。
二、住建部门的实际操作流程
审核流程：住建部门在审核监理工程师的变更注册申请时，通常会按照既定的流程进行。这个流程可能包括资料审核、面试、实地考察等环节。其中，资料审核环节可能会涉及对申请人身份、学历、工作经历、职业资格证书以及无犯罪记录证明等材料的审核。
查询刑事处罚记录的可能性：如果住建部门的审核流程中明确包含了查询刑事处罚记录的环节，或者相关法律法规要求住建部门在审核时必须查询刑事处罚记录，那么住建部门会进行相应的查询。然而，如果法律法规没有明确要求，且住建部门的审核流程中也没有包含这一环节，那么住建部门可能不会主动查询刑事处罚记录。
三、实际操作中的建议
了解具体要求：在申请变更注册前，建议监理工程师先了解当地住建部门的具体要求，包括是否需要提供无犯罪记录证明或进行刑事处罚记录的查询。
准备相关材料：如果住建部门要求提供无犯罪记录证明或进行刑事处罚记录的查询，监理工程师应提前准备好相关材料，如无犯罪记录证明、身份证、职业资格证书等。
咨询专业人士：如果监理工程师对变更注册的具体要求或流程存在疑问，可以咨询当地住建部门或专业律师，以获取更准确的信息和指导。
总结来说，监理工程师在变更注册单位时，住建部门是否会查刑事处罚记录，取决于具体的法律法规要求以及住建部门的实际操作流程。因此，建议监理工程师在申请变更注册前，先了解当地的具体要求，并准备好相关材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。