结论：将员工的工资从其中一家单位转入另一家单位部分工资的行为，是否合法需视具体情况而定，主要取决于两家单位之间的关系、工资支付的目的以及是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 两家单位独立运营且无关联交易：

   • 如果两家单位虽然法人相同，但实际上是独立运营、财务独立的实体，且工资支付行为并非出于逃避税收、社保等法律义务的目的，那么这种工资支付方式在形式上可能并不直接违反法律规定。但需要注意的是，如果这种支付方式导致了员工实际工资的减少或未按时足额支付，那么仍然可能构成违法行为。
   • 法律建议：在这种情况下，建议确保工资支付行为符合劳动合同的约定，且员工实际收到的工资不低于当地最低工资标准，同时按时足额缴纳社保等费用。

2. 两家单位存在关联交易或财务混同：

   • 如果两家单位存在关联交易，或者财务上混同（如共用账户、资金随意调配等），那么将工资从一家单位转入另一家单位可能被视为逃避法律义务的行为，如逃避税收、社保缴纳等。这种行为可能违反《税收征收管理法》、《社会保险法》等相关法律法规。
   • 法律后果：一旦被发现，可能面临税务处罚、社保补缴、罚款等法律后果，同时可能影响企业的信誉和正常运营。
   • 法律建议：在这种情况下，建议立即停止这种工资支付方式，并咨询专业律师进行合规审查，确保企业的财务和税务行为符合法律法规的规定。

3. 工资支付行为符合特定目的或协议：

   • 如果两家单位之间的工资支付行为是基于特定的目的或协议（如内部调岗、项目合作等），且这种支付方式已经得到了员工的同意，并且符合相关法律法规的规定（如劳动合同的变更、社保的缴纳等），那么这种行为可能是合法的。
   • 法律建议：在这种情况下，建议确保所有相关协议和文件都合法有效，并且得到了员工的明确同意。同时，要确保工资支付行为符合劳动合同的约定和相关法律法规的规定。

额外提醒：

• 无论何种情况，都应确保员工的合法权益不受侵害，包括按时足额支付工资、缴纳社保等费用。
• 如果对工资支付方式的合法性存在疑问，建议及时咨询专业律师进行合规审查，以避免潜在的法律风险。

总结：将员工的工资从其中一家单位转入另一家单位部分工资的行为，其合法性取决于多种因素。为了确保合规性，建议企业在实施这种支付方式前进行充分的法律审查和风险评估。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。