员工提交病假流程时，单位应当按照以下步骤和原则进行回复与处理：

1. 确认病假申请的合规性
   单位首先需核实员工提交的病假材料是否完整、合规，包括但不限于：医院出具的病假证明（如诊断书、病假条）、医疗缴费凭证等。若材料齐全且符合公司规章制度，单位应及时批准并告知员工病假起止日期、工资发放标准等关键信息。
   法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工享有法定医疗期，单位不得随意拒绝合规的病假申请。

2. 明确病假期间的权利义务
   单位需以书面形式（如邮件、书面通知）向员工说明：

   • 病假期间工资按何种标准发放（如当地最低工资的80%或合同约定比例）；
     
   • 医疗期满后若仍无法返岗，单位可能依法解除劳动合同的程序及补偿标准；
     
   • 员工需定期提交病情进展证明的义务（如每两周提交一次医院复诊记录）。
     风险提示：若单位未明确告知权利义务，可能引发劳动争议，如员工主张未获足额病假工资。

3. 对材料存疑时的处理
   若单位对病假真实性存疑（如怀疑虚假证明），可采取以下措施：

   • 要求员工到指定医院复检（需在规章制度中明确此条款，且不得侵犯员工隐私）；
     
   • 向出具证明的医院核实病情；
     
   • 若查实虚假病假，可依据《劳动合同法》第39条以“严重违反规章制度”解除合同，且无需支付经济补偿。
     操作建议：处理此类情况需谨慎，避免因证据不足被认定为违法解除。

4. 特殊情形下的灵活处理

   • 突发疾病未及时提交材料：允许员工事后补交，但需规定合理期限（如3个工作日内）；
     
   • 长期病假员工管理：建立定期沟通机制，了解康复进度，避免因信息断层引发纠纷；
     
   • 涉及隐私保护：病假材料涉及员工健康信息，单位需严格保密，仅限必要人员知悉。
     

总结：单位对病假申请的回复需兼顾合法性与人性化，既要确保流程合规以规避法律风险，也要体现对员工健康的关怀。若遇到复杂情形（如疑似虚假病假、长期病假管理），可进一步向我咨询具体操作方案。