工程保证金预留5%违反了《建设工程质量保证金管理办法》中关于保证金预留比例的规定。具体来说：
预留比例上限：
- 根据《建设工程质量保证金管理办法》（建质〔2017〕138号）的规定，工程质量保证金的预留比例不得超过工程价款结算总额的3%。若工程结算总额为1000万元，则保证金最多可预留30万元，超出此比例即构成违规。
- 示例：若某工程结算总额为1000万元，按照规定最多只能预留30万元作为保证金。如果预留了50万元，即预留比例为5%，这就违反了上述规定。
违规后果：
- 超额预留保证金可能引发法律纠纷，影响发包人与承包人之间的合作关系。承包人有权要求发包人按照法规规定调整预留比例，并返还超额预留的部分。
- 在极端情况下，如果发包人坚持超额预留保证金，承包人可以通过法律途径维护自己的合法权益，包括提起诉讼或申请仲裁等。
合规建议：
- 发包人在预留工程质量保证金时，应严格遵守《建设工程质量保证金管理办法》的规定，确保预留比例不超过工程价款结算总额的3%。
- 双方应在合同中明确约定保证金的预留比例、返还条件及争议解决机制等条款，以避免因条款模糊而引发争议。
- 如果合同未约定预留比例，发包人应按照法规规定的上限（即3%）进行预留，并可通过补充协议与承包人进行协商调整。
总结来说，工程保证金预留5%违反了《建设工程质量保证金管理办法》中关于保证金预留比例不得超过工程价款结算总额3%的规定。发包人应严格遵守相关法规，确保保证金的预留比例合规，以维护双方的合法权益和工程的顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。