结论：拿到证据不足不起诉决定书快三个月，一般情况下代表案件在检察机关这一阶段已经终结，但并不意味着整个法律程序完全结束，后续可能存在一些特殊情况。以下为你详细分析：

案件在检察机关阶段终结

根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，在审查起诉阶段，如果检察机关认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。一旦作出不起诉决定，就意味着在检察机关的审查起诉环节，案件不再继续推进到法院审判阶段，从检察机关的工作流程和职责范围来看，该案件在这一阶段已经处理完毕，即终结。例如，在一些盗窃案件中，虽然有犯罪嫌疑人的供述，但缺乏其他关键证据如被盗物品的来源、现场的客观证据等，检察机关经过审查后认为证据不足以证明犯罪事实，就会作出不起诉决定，此时案件在检察机关这里就结束了。

后续可能存在的特殊情况

1. 被害人申诉：被害人如果不服不起诉决定，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。上一级人民检察院经过审查后，如果认为不起诉决定有错误，可以撤销不起诉决定，提请公诉。这种情况下，案件可能会重新进入诉讼程序。比如，在一些故意伤害案件中，被害人认为检察机关不起诉的决定不公正，提供了新的证据线索，上一级检察机关经过审查认为符合起诉条件，就会要求下级检察机关重新起诉，案件就会继续进行。
2. 公安机关补充侦查后重新移送：公安机关如果认为不起诉决定有错误，可以要求作出不起诉决定的人民检察院复议，如果意见不被接受，还可以向上一级人民检察院提请复核。同时，公安机关也可以自行补充侦查，在补充侦查后认为证据确实、充分，符合起诉条件的，可以重新移送人民检察院审查起诉。例如，在一些经济犯罪案件中，公安机关在检察机关作出不起诉决定后，又发现了新的证据，经过补充侦查后认为可以证明犯罪嫌疑人的罪行，就会重新将案件移送检察机关审查起诉。
3. 新证据出现：如果在不起诉决定作出后，出现了新的证据，能够证明犯罪嫌疑人有罪，那么案件也可能会重新启动。比如，在一些诈骗案件中，犯罪嫌疑人一直否认自己的罪行，检察机关因证据不足作出不起诉决定，但之后有证人提供了关键证言或者发现了新的物证，证明犯罪嫌疑人的诈骗行为，此时案件就可能会重新进入诉讼程序。

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