是的，事实不清、证据不足不起诉通常意味着案件已经结案。以下是对这一问题的详细分析：

1. 不起诉决定的法律意义：

   • 当检察院认为案件事实不清、证据不足，不符合起诉条件时，会作出不起诉决定。这一决定标志着刑事诉讼程序的终止，不再对犯罪嫌疑人进行刑事追究。

2. 不起诉决定后的处理措施：

   • 若犯罪嫌疑人已被拘捕，公安机关应立即释放，并开具释放证明。
   • 检察院会同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。
   • 对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，检察院会提出检察意见，移送有关主管机关处理。

3. 被害人及公安机关的权利：

   • 被害人若不服不起诉决定，可以自收到决定书后向上一级检察院申诉，也可以直接向法院起诉。
   • 公安机关若认为不起诉决定有错误，可以要求复议，意见不被接受可向上一级检察院提请复核。

4. 举例说明：

   • 假设小何因涉嫌盗窃罪被公安机关移送检察院审查起诉。经过二次补充侦查后，检察院仍认为认定小何构成盗窃罪的证据不充分，不符合起诉条件，遂作出不起诉决定。此时，刑事诉讼程序即告终止，小何若在押应立即释放。若被害人小丽不服该不起诉决定，她可以依法维护自身权益。

综上所述，事实不清、证据不足不起诉确实意味着案件已经结案。但这一决定并不排除被害人或公安机关在特定情况下依法维护自身权益的可能性。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请随时向我咨询。