结论：在您全责且对方是非法营运车辆的情况下，赔偿项目主要包括车辆直接损失、对方可能主张的营运损失（但非法营运部分可能不受法律保护）、其他相关费用，以及若有人身损害时的人身损害赔偿。不过，由于对方车辆非法营运，其主张的营运损失部分可能无法得到法律支持，但具体需结合实际情况和证据判断。

一、车辆直接损失赔偿

1. 维修费用：您需要承担对方车辆的维修费用，包括车辆本身的维修以及车辆所载物品的损失费用，确保车辆恢复至事故前的状态。

2. 车辆重置费用：如果对方车辆因事故无法修复，您需要支付与被损坏车辆价值相当的车辆重置费用。

二、营运损失赔偿（非法营运部分可能不受保护）

1. 停运损失：

   • 合法营运部分：如果对方车辆原本具备合法营运资质，但因事故导致停运，您可以根据对方提供的营运收入记录（如出租车公司的每日载客收入统计或货运公司的运输合同及收入明细）来计算平均每日或每月收入，再乘以停运天数，给予相应赔偿。
   • 非法营运部分：如果对方车辆非法营运，其主张的停运损失可能无法得到法律支持。因为非法营运行为本身不受法律保护，由此产生的损失也难以获得赔偿。

2. 司机误工费：

   • 如果司机因事故受伤或处理事故相关事宜而无法工作，您可以根据司机的实际收入情况给予误工费赔偿。有固定收入的，按实际减少的收入计算；无固定收入的，按照最近三年的平均收入计算；若不能证明，则参照受诉法院所在地相同或相近行业上一年度职工的平均工资计算。但同样，如果司机参与非法营运，这部分费用也可能受到一定影响。

三、其他相关费用

1. 施救费用：如拖车费等车辆发生事故后的紧急救援费用，由您承担。

2. 替代性交通工具费用：在对方车辆维修或重置期间，因无法使用而产生的替代交通工具的合理费用，也可以由您承担。但需注意，这部分费用应合理且必要，避免过度索赔。

四、人身损害赔偿（如适用）

如果对方车辆的司机或乘客在事故中受伤，您还需要赔偿医疗费、误工费、护理费等各类人身损害赔偿费用。具体计算方式和标准依据相关法律法规确定，如《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》等相关规定。

五、特殊情况与建议

1. 非法营运的认定：对方车辆是否非法营运，需由相关部门进行认定。如果对方无法提供合法的营运证件，如道路运输许可证、从业资格证等，则可能被认定为非法营运。

2. 证据收集：在处理此类事故时，建议您积极收集证据，包括事故责任认定书、车辆维修发票、对方营运证件（如有）、施救费用发票等，以全面证明损失情况，并为自己辩护。

3. 协商与诉讼：在收集好证据后，您可以与对方就赔偿事宜进行协商。如果协商无果，对方可能向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，并可能面临对方主张的非法营运损失等争议点。

最后提醒：交通事故赔偿问题涉及多个方面，且具体情况可能因地区、案件细节等因素而有所不同。如果您在处理此类事故时遇到困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。