商事仲裁协议是可以在纠纷后达成的。这一结论基于以下法律背景和详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条的规定，仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。这一条款明确指出了仲裁协议的签订时间具有灵活性，既可以在纠纷发生前预先订立，也可以在纠纷发生后由当事人协商达成。
详细分析
纠纷发生前的仲裁协议：
- 在商业实践中，当事人在签订合同时，往往会在合同中约定仲裁条款，明确将未来可能因合同产生的争议提交仲裁解决。这种方式体现了当事人的预见性和对仲裁方式的选择，有助于在争议发生前就确定解决机制，提高争议解决的效率。
纠纷发生后的仲裁协议：
- 在纠纷发生后，双方当事人如果都有通过仲裁方式解决争议的意愿，仍然可以通过协商一致，签订专门的仲裁协议书，约定将该纠纷提交给某一特定的仲裁机构进行仲裁。这种方式的合法性在于它尊重了当事人的自由意志和对仲裁方式的选择。只要这份仲裁协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，该仲裁协议就是有效的，仲裁机构可以据此受理案件并进行裁决。
注意事项
- 协议内容的合法性、明确性和双方真实意愿：在签订仲裁协议时，必须确保其内容的合法性、明确性和双方的真实意愿。具体而言，仲裁协议应明确约定仲裁事项、选定的仲裁委员会以及仲裁规则等关键内容。
- 仲裁协议的独立性：仲裁协议条款独立于合同存在，不因合同的终止、无效而终止或无效。一旦仲裁协议有效成立，即对双方当事人产生法律效力，约束他们按照协议约定的方式解决争议。
- 尽早签订：如果在纠纷发生后试图通过达成仲裁协议来解决争议，应尽早进行，避免因为拖延而引发关于协议的真实性和合法性的质疑，或不符合仲裁制度的基本原则和程序要求。
实际应用建议
在实际应用中，如果双方当事人在纠纷发生后希望达成仲裁协议，应当：
- 明确表达仲裁意愿：双方应明确表示愿意将争议提交仲裁解决，并体现在书面协议中。
- 详细约定仲裁事项：仲裁事项应当具体明确，避免模糊不清或过于宽泛。
- 选定仲裁委员会：在协议中明确约定仲裁委员会的名称，以确保仲裁协议的可执行性。
综上所述，商事仲裁协议是可以在纠纷后达成的，只要该协议符合法律规定的有效条件。如果你在商事仲裁协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。