商事纠纷发生后，双方确实可以签订协议通过仲裁解决纠纷。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与仲裁协议的有效性

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。仲裁协议应当具有下列内容：

1. 请求仲裁的意思表示：即双方当事人愿意将争议提交仲裁机构进行裁决的明确表示。
2. 仲裁事项：即双方当事人约定提交仲裁的具体争议事项。
3. 选定的仲裁委员会：即双方当事人共同选定的仲裁机构。

只要仲裁协议具备上述内容，且是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该仲裁协议就是有效的。商事纠纷发生后，双方可以基于自愿原则，就纠纷的解决方式达成仲裁协议，从而选择通过仲裁途径来解决纠纷。

仲裁的优势与特点

1. 高效性：仲裁程序相对灵活，可以更快地解决纠纷，节省当事人的时间和成本。
2. 保密性：仲裁过程通常不公开进行，有助于保护当事人的商业秘密和隐私。
3. 专业性：仲裁机构通常拥有专业的仲裁员队伍，能够更准确地理解和适用法律，提供更专业的裁决。
4. 终局性：仲裁裁决一旦作出，即具有终局效力，当事人应当履行。除非存在法定情形，否则不得向人民法院起诉或申请撤销裁决。

签订仲裁协议的注意事项

1. 明确仲裁意愿：双方在签订仲裁协议时，应明确表达愿意将争议提交仲裁的意愿，避免使用模糊或歧义的语言。
2. 准确约定仲裁事项：仲裁事项应具体、明确，避免过于宽泛或模糊，以免导致仲裁协议无效或仲裁机构无法受理。
3. 选定合适的仲裁机构：双方应共同选定一个具有管辖权且信誉良好的仲裁机构，以确保仲裁程序的顺利进行和裁决的公正性。
4. 遵守法律程序：在签订仲裁协议和进行仲裁程序时，双方应遵守相关法律法规和仲裁规则，确保仲裁程序的合法性和有效性。

可能的法律后果

如果双方签订了有效的仲裁协议，但一方违反协议规定，未将争议提交仲裁而是直接向人民法院起诉，那么人民法院在受理案件后，如果发现存在有效的仲裁协议，通常会裁定驳回起诉，并告知当事人向仲裁机构申请仲裁。因此，签订仲裁协议后，双方应严格遵守协议规定，按照仲裁程序解决纠纷。

综上所述，商事纠纷发生后，双方可以签订协议通过仲裁解决纠纷。在签订仲裁协议时，双方应明确仲裁意愿、准确约定仲裁事项、选定合适的仲裁机构，并遵守法律程序。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。