员工违反顾客意愿拿顾客手机刷好评的行为，属于侵犯消费者权益及可能涉及不正当竞争的违法行为，企业应对涉事员工进行严肃处罚，并承担相应的管理责任。具体分析如下：

1. 员工行为的法律定性
   根据《消费者权益保护法》第九条，消费者享有自主选择商品或服务的权利，包括对商品或服务的评价权。员工未经顾客同意，擅自操作其手机刷好评，直接剥夺了顾客的自主评价权，构成对消费者权益的侵害。
   若该行为系企业授意或默许，还可能涉及《反不正当竞争法》第八条规定的“虚假宣传”行为，即经营者通过组织虚假交易等方式，帮助其他经营者进行虚假或引人误解的商业宣传，面临行政处罚（如罚款、停业整顿等）。

2. 企业应对员工的处罚措施

   • 内部纪律处分：企业应依据规章制度（如员工手册、绩效考核制度等），对涉事员工给予警告、记过、降薪、解雇等处罚。处罚需与违规行为的严重性匹配，例如首次违规可警告，多次或造成严重后果可解雇。
     
   • 赔偿顾客损失：若顾客因刷好评行为遭受损失（如误购商品、隐私泄露等），员工需承担民事赔偿责任；企业若存在管理过失，可能需承担连带责任。
     
   • 公开道歉与整改：企业应要求员工向顾客书面道歉，并公开承诺杜绝类似行为，以修复企业信誉。

3. 企业的管理责任与风险防范

   • 完善内部管控：企业需建立严格的评价管理流程，禁止员工接触顾客设备或账号；通过技术手段（如验证码验证、操作日志记录）监控异常行为。
     
   • 培训与合规教育：定期组织员工学习《消费者权益保护法》《反不正当竞争法》等法规，明确刷好评的法律后果，强化合规意识。
     
   • 主动配合调查：若市场监管部门介入调查，企业应积极配合，提供涉事员工信息、操作记录等证据，避免被认定为共同违法。

建议：企业若发现此类行为，应立即停止并整改，同时咨询律师评估法律风险，制定应对方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。