结论前置：公司制度在劳动合同之后制定，新制度一般需要员工确认，但具体是否需要确认以及确认的方式和效力，需根据新制度的内容、制定程序以及是否涉及员工重大利益等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同变更的角度：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。公司制度若对劳动合同中已约定的内容（如工作时间、劳动报酬、福利待遇等）进行变更，且这种变更对劳动者不利，那么根据《劳动合同法》的相关规定，这种变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，并采用书面形式。在此情况下，新制度需要员工确认，即员工需同意这种变更，否则变更不具有法律效力。
   • 举例：若原劳动合同中约定的工作时间为标准工时制，而新制度改为综合计算工时制，且这种变更未得到员工的书面确认，那么这种变更对员工不产生约束力，员工仍有权按照原劳动合同的约定主张自己的权益。

2. 从公司制度制定程序的角度：

   • 公司制度的制定应当遵循民主程序，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若新制度未经此程序制定，即使员工未明确表示反对，也可能因程序违法而无效。
   • 举例：若公司未经职工代表大会讨论，直接制定了一项新的考勤制度，并要求员工遵守，那么员工有权拒绝遵守，因为该制度在制定程序上存在瑕疵。

3. 从新制度内容是否涉及员工重大利益的角度：

   • 若新制度的内容涉及员工的重大利益，如劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等，那么根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当与劳动者协商一致后变更劳动合同或制定相关制度。在此情况下，新制度需要员工确认，以确保员工的知情权、参与权和表达权得到保障。
   • 举例：若公司制定了一项新的奖金制度，明确了奖金的发放条件、标准和方式等，那么这项制度应当经过员工的确认，以确保员工对奖金制度有充分的了解，并能够根据自己的工作表现合理预期奖金的发放。

4. 从实际操作的角度：

   • 在实际操作中，公司可以通过组织员工学习、培训、考试等方式，让员工了解并确认新制度的内容。同时，公司也可以要求员工在新制度上签字或盖章，以作为员工确认的证据。
   • 建议：为了确保新制度的有效性和合法性，公司应当在新制度制定后，及时组织员工进行学习和确认，并保留好相关的证据材料，以备不时之需。

法律建议：

• 公司在制定新制度时，应当遵循民主程序，确保制度的合法性和有效性。
• 若新制度涉及员工的重大利益，公司应当与员工进行充分协商，并取得员工的确认。
• 公司应当保留好新制度制定、学习和确认的相关证据材料，以备在发生劳动纠纷时作为证据使用。

可能法律后果：

• 若公司未按照法律规定制定或变更制度，且未取得员工的确认，那么该制度可能因程序违法或内容违法而无效。
• 在发生劳动纠纷时，若公司无法提供员工确认新制度的相关证据材料，那么公司可能面临败诉的风险，并需要承担相应的法律责任。