法院会根据公平原则和实际情况对离婚协议中过重的违约责任进行调整，具体处理方式如下：

1. 审查违约责任条款的合理性
   法院会首先审查离婚协议中违约责任条款的设定是否符合公平原则。如果违约责任明显超出实际损失范围（例如约定违约金为财产分割总额的50%，而实际损失可能仅为10%），法院可能认定该条款显失公平，进而依据《民法典》第151条（显失公平的民事法律行为可撤销）或第585条（违约金过高可请求减少）进行调整。

2. 以实际损失为基准调整违约金
   根据《民法典》第585条，若违约方主张违约金过高，法院会以守约方的实际损失为基础，兼顾合同履行情况、当事人过错程度等因素，综合判断是否需要减少违约金。例如，若一方未按协议支付抚养费，但另一方未举证证明因违约产生的额外支出（如医疗费、教育费等），法院可能不会支持高额违约金。

3. 区分违约类型与责任形式
   法院会区分违约行为的性质（如故意违约与过失违约）和责任形式（如继续履行、赔偿损失、支付违约金等）。若违约责任包含惩罚性条款（如“逾期支付则双倍返还”），而法律未明确允许惩罚性赔偿的，法院可能仅支持补偿性损失，驳回惩罚性部分。

4. 考虑协议签订时的自愿性
   若双方在签订协议时均具备完全民事行为能力，且无欺诈、胁迫等情形，法院会尊重当事人意思自治，原则上维持协议效力。但若违约责任条款因一方利用优势地位迫使对方接受（如经济控制、威胁离婚等），法院可能依据《民法典》第150条（胁迫的民事法律行为可撤销）撤销该条款。

实务建议：

• 若您认为离婚协议中的违约责任过重，可在起诉时主张调整，并提交证据证明实际损失（如银行流水、发票等）；
  
• 若您是协议起草方，建议明确违约责任的计算方式（如“按未支付金额的日万分之五计息”），避免模糊表述导致争议；
  
• 无论作为哪一方，均需保留协议签订过程的证据（如聊天记录、录音等），以证明是否存在胁迫或显失公平的情形。
  

如有具体协议条款或案件细节需要分析，可直接向我提供，我会进一步结合法律条文为您解读。