结论：原告申请做伤残司法鉴定，法官以被告方对证据内容有争议为由不做司法鉴定，这一做法并不一定完全合理，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、司法鉴定的启动条件
在民事诉讼中，司法鉴定通常是在当事人申请且法院认为有必要的情况下启动的。根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。这意味着，司法鉴定的启动需要满足两个条件：一是当事人申请，二是法院认为有必要。
二、被告方对证据内容有争议的影响
争议内容与鉴定事项的相关性：
- 如果被告方对证据内容的争议并不直接涉及伤残等级这一专门性问题，那么这种争议不应成为阻止司法鉴定的理由。例如，被告方可能对事故责任划分有争议，但这并不影响伤残等级的鉴定。
- 如果被告方对证据内容的争议直接涉及伤残等级，如质疑原告的伤残程度是否真实或是否由事故造成，那么这种争议可能成为法院考虑是否进行司法鉴定的因素之一。
法院的自由裁量权：
- 法院在决定是否进行司法鉴定时，拥有一定的自由裁量权。法院会综合考虑案件的具体情况、证据的充分性、争议的性质等因素来作出决定。
- 如果法院认为被告方的争议不足以影响伤残等级的鉴定，或者认为通过鉴定可以更准确地查明事实，那么法院可能会批准司法鉴定申请。
三、可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果法院以被告方对证据内容有争议为由拒绝进行司法鉴定，而这一争议并不直接涉及伤残等级，那么原告可能会因此失去通过司法鉴定来证明自己伤残程度的机会，从而影响其赔偿请求的实现。
- 如果法院拒绝进行司法鉴定的决定被后续的法律程序（如上诉）认为是不合理的，那么可能会影响案件的公正审理和判决结果。
建议：
- 对于原告：如果法院拒绝进行司法鉴定，原告可以询问法院拒绝的具体理由，并考虑是否提供进一步的证据或理由来说服法院进行鉴定。如果认为法院的决定不合理，原告可以在上诉时提出这一点。
- 对于被告：如果被告方对证据内容有争议，并且这种争议可能影响伤残等级的鉴定，被告方应积极向法院提出自己的观点和证据，以影响法院的决定。
- 双方均可：在诉讼过程中，双方都可以积极与法院沟通，就司法鉴定的必要性、可行性等问题进行充分讨论，以寻求最合理的解决方案。
总结来说，法官以被告方对证据内容有争议为由不做司法鉴定，并不一定完全合理。这取决于争议内容与鉴定事项的相关性以及法院对案件具体情况的综合考虑。如果你面临类似情况，建议积极与法院沟通，提供充分的证据和理由来支持自己的观点。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。