被害人申请做伤残鉴定，法院不同意申请不一定合法，需具体情况具体分析。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 法院不同意伤残鉴定申请的可能情形

1. 申请程序不当：如果被害人的伤残鉴定申请在程序上存在瑕疵，如未在规定时间内提出、未提交必要的申请材料或申请方式不符合法院要求，法院可能会不同意申请。此时，法院的做法是合法的，因为当事人需要遵循法定的申请程序。

2. 缺乏必要性：如果案件事实清楚，证据确凿，伤残鉴定结果对案件处理无实质性影响，法院可能会认为进行伤残鉴定缺乏必要性，从而不同意申请。在这种情况下，法院的决定也是基于案件实际情况和司法资源的合理分配考虑，通常是合法的。

二. 法院不同意伤残鉴定申请的不合法情形

• 违反法律规定：如果被害人的伤残鉴定申请符合法定程序，且伤残鉴定对案件处理具有关键性影响，法院仅凭主观判断或非法定理由不同意申请，则可能构成对当事人诉讼权利的侵犯，此时法院的做法是不合法的。

三. 应对措施

• 询问理由并补充材料：被害人可以先向法院询问不同意申请的具体理由，如果是因为申请材料不全或程序不当，可以及时补充材料或纠正程序错误后重新申请。

• 申请复议或上诉：如果被害人认为法院不同意申请的理由不充分或违法，可以在法定期限内向上一级法院申请复议或提起上诉，以维护自己的合法权益。

我建议：被害人在申请伤残鉴定时，应确保申请程序合法、材料齐全，并充分说明伤残鉴定对案件处理的重要性。如遇到法院不同意申请的情况，应及时与法院沟通，了解具体原因，并采取相应的应对措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。