结论前置：补偿金能否将拖欠的工资计算进去，以及这样做是否合法，主要取决于具体的情形和相关的法律法规。以下是几种常见情况的详细分析：

1. 劳动行政部门责令支付后仍逾期不支付的情形

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第八十五条，若用人单位未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬，且经劳动行政部门责令限期支付后仍逾期不支付的，用人单位需按应付金额50%至100%的标准向劳动者加付赔偿金。
   • 计算方式：在此情形下，赔偿金是基于拖欠的工资（即应付未付金额）来计算的，公式为：赔偿金 = 应付未付金额 ×（50% - 100%）。具体比例由劳动行政部门根据用人单位的违法情节确定。
   • 合法性：这种计算方式是合法的，因为它是基于明确的法律规定，并且由劳动行政部门进行监督和执行。

2. 用人单位与劳动者协商一致确定赔偿金的情形

   • 法律依据：若用人单位与劳动者就拖欠工资的赔偿金达成一致意见，且该协议真实有效、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗，则赔偿金按照双方协商确定的金额计算。
   • 计算方式：在此情形下，赔偿金的计算方式完全由双方协商确定，可以包括拖欠的工资以及额外的赔偿金额。
   • 合法性：只要双方协商一致，且协议内容合法合规，这种计算方式也是合法的。

3. 关于解除劳动合同导致拖欠工资的经济补偿及额外经济补偿（部分情况适用）

   • 历史法规说明：虽然原《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》曾规定，用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资需支付相当于工资报酬25%的经济补偿金，但该规定已废止。
   • 当前地方性法规考虑：尽管国家层面的原规定已废止，但部分地区的地方性法规可能仍有类似规定。因此，在具体情况下，需参考当地法规来确定是否存在额外经济补偿及其计算标准。
   • 计算方式（如适用）：如果当地法规有相关规定，赔偿金可能按照拖欠工资金额的一定比例来计算，公式为：赔偿金 = 拖欠工资金额 × 当地法规规定的比例。
   • 合法性：这种计算方式的合法性取决于当地法规的规定。如果当地法规有明确规定，且用人单位未按照规定支付，则劳动者有权要求用人单位按照法规支付赔偿金。

法律建议：

• 在处理拖欠工资赔偿金的问题时，劳动者应首先明确具体情形，并依据相关法律法规和地方性法规进行判定。
• 如果用人单位存在拖欠工资的行为，劳动者可以先向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令用人单位限期支付工资。若用人单位逾期仍不支付，劳动者可以要求用人单位加付赔偿金。
• 如果劳动者与用人单位就拖欠工资的赔偿金达成一致意见，应确保协议内容合法合规，并保留好相关证据，以备不时之需。

可能法律后果：

• 如果用人单位未按照法律法规和地方性法规的规定支付拖欠工资和赔偿金，劳动者有权向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁机构申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资和赔偿金。
• 用人单位如果未按照规定支付赔偿金，还可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。