结论：综合工时制下，公司若将工资结构拆分为包含固定加班工资的形式，其合法性需视具体情况而定，关键在于是否符合相关法律法规的规定以及劳动合同的约定。

分析：

1. 综合工时制的基本概念：

   • 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）将工作时间进行平均计算，以判断是否超过法定工作时间。在综合工时制下，加班工资的计算和支付有其特殊性。

2. 固定加班工资的合法性：

   • 符合法律法规：如果公司在综合工时制下，将工资结构拆分为包含固定加班工资的形式，且这种拆分方式符合《劳动法》及相关规定中关于加班工资支付的标准和条件，那么这种做法是合法的。例如，公司可能根据历史数据或合理预测，预先确定一定周期内的加班时间，并据此计算并支付固定的加班工资。
   • 劳动合同约定：此外，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了综合工时制下的工资结构，包括固定加班工资的部分，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法也是合法的。

3. 可能存在的问题：

   • 加班时间超出预测：如果实际加班时间超过了公司预先预测并支付固定加班工资的时间，那么超出部分的加班工资仍需按照法律法规的规定进行支付。如果公司未支付，则可能构成违法。
   • 劳动合同未明确约定：如果劳动合同中未明确约定综合工时制下的工资结构，或者约定不明确，那么公司单方面将工资结构拆分为包含固定加班工资的形式可能引发争议。在这种情况下，需要依据相关法律法规和实际情况进行判断和处理。

4. 法律建议：

   • 审查劳动合同：建议劳动者首先审查自己的劳动合同，了解其中关于工作时间、工资结构以及加班工资支付等方面的约定。
   • 与公司沟通：如果劳动者对工资结构有疑问或不满，可以与公司进行沟通，要求公司解释并说明工资结构的合理性和合法性。
   • 寻求法律援助：如果劳动者认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同的约定，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

总结：综合工时制下，公司若将工资结构拆分为包含固定加班工资的形式，其合法性需根据具体情况进行判断。劳动者应审查自己的劳动合同，了解相关约定，并在有疑问或不满时与公司进行沟通或寻求法律援助。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。