核心结论：公司结业时，对于怀孕员工的“三期”（孕期、产期、哺乳期）赔偿问题，可以协商处理，但协商结果不得低于法定标准，且需确保怀孕员工的合法权益得到充分保障。以下从多个角度详细分析：

1. 协商处理的可能性与原则

• 协商基础：根据《劳动合同法》及相关规定，公司结业属于劳动合同终止的法定情形之一。在此情况下，公司应依法向员工支付经济补偿。对于怀孕员工，公司需特别关注其“三期”权益，但法律并未禁止双方通过协商达成一致解决方案。
• 协商原则：协商应遵循自愿、公平、合法的原则，不得损害怀孕员工的合法权益。协商结果应至少满足法定最低标准，如经济补偿、生育津贴、医疗费用等。

2. 法定赔偿标准与协商空间

• 经济补偿：根据《劳动合同法》第47条，公司应按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。对于怀孕员工，此标准同样适用，但协商时可考虑适当提高补偿以体现人文关怀。
• “三期”待遇：怀孕员工在“三期”内享有特殊的劳动保护，包括不得解除劳动合同、享受生育津贴、医疗费用报销等。协商时，公司应确保这些待遇得到落实，或通过协商提供等值的补偿方案。
• 协商空间：在法定标准的基础上，双方可就补偿方式、支付时间等细节进行协商。例如，公司可提出一次性支付补偿金，或分期支付并附加一定的利息或保障措施。

3. 协商处理的注意事项

• 书面协议：协商结果应以书面形式固定，明确双方的权利义务，避免后续纠纷。协议内容应包括补偿金额、支付方式、支付时间、“三期”待遇的落实方式等。
• 合法性审查：协商方案应经法律专业人士审查，确保不违反法律法规的强制性规定。例如，不得通过协商免除公司应承担的生育保险责任。
• 员工权益保障：协商过程中，公司应充分尊重怀孕员工的意愿，不得利用其弱势地位迫使其接受不公平的协议。如员工对协商方案有异议，公司应提供合理的解释或调整方案。

4. 协商不成时的法律救济

• 劳动仲裁：如协商不成，怀孕员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司按法定标准支付经济补偿及“三期”待遇。
• 诉讼途径：对仲裁结果不服的，怀孕员工可向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自身权益。

总结与建议：公司结业时，与怀孕员工就“三期”赔偿问题进行协商是可行的，但需确保协商结果合法、公平，并充分保障员工的合法权益。建议公司在协商前咨询法律专业人士，制定合理的协商方案，并在协商过程中保持透明、公正的态度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。