结论：针对您描述的情况，公司款项已支付给员工，但员工仍申请立案执行并扣除了公司14900元，这可能是由于多种原因导致的。以下是从不同角度对可能原因的分析及相应的处理建议。
一、可能的原因分析
执行依据未撤销或变更：
- 如果员工之前申请了劳动仲裁，并获得了仲裁裁决书，要求公司支付一定金额的款项。公司虽然已经支付了款项，但如果未及时向仲裁机构或法院申请撤销或变更该裁决书的执行，员工仍有可能依据该裁决书申请强制执行。
支付凭证未提交或未被认可：
- 公司可能已经支付了款项，但未将支付凭证（如银行转账记录、收据等）及时提交给仲裁机构或法院，或者提交的凭证未被认可，导致法院认为公司未履行裁决义务，从而执行了公司的财产。
存在其他未了结的纠纷：
- 除了已仲裁的款项外，员工与公司之间可能还存在其他未了结的劳动纠纷，如加班费、经济补偿金等。员工可能将这些纠纷一并申请了强制执行。
执行程序中的误解或错误：
- 在执行过程中，可能由于法院或执行人员的误解或错误，导致错误地执行了公司的财产。
二、处理建议
核实执行依据：
- 公司应首先核实员工申请强制执行的依据是什么，是之前的仲裁裁决书还是其他法律文书。如果确实是之前的仲裁裁决书，且公司已经履行了支付义务，那么应尽快向仲裁机构或法院申请撤销或变更该裁决书的执行。
提交支付凭证：
- 公司应收集并整理所有支付凭证，如银行转账记录、收据等，并尽快提交给仲裁机构或法院，以证明公司已经履行了支付义务。如果凭证未被认可，公司应积极与仲裁机构或法院沟通，提供必要的解释和说明。
沟通协商：
- 公司可以尝试与员工进行沟通协商，了解员工申请强制执行的具体原因和诉求。如果存在误解或错误，双方可以协商解决；如果存在其他未了结的纠纷，双方可以协商达成和解协议，并申请法院确认和解协议的效力。
提出执行异议：
- 如果公司认为执行行为存在错误或违反法律规定，可以向执行法院提出执行异议。执行法院会在收到异议后进行审查，并根据审查结果作出相应的处理决定。
寻求法律援助：
- 如果公司在处理过程中遇到困难或无法解决问题，可以寻求专业的法律援助。作为专业律师，我可以为公司提供法律咨询和代理服务，帮助公司解决劳动纠纷和执行问题。
三、后续预防措施
完善内部管理：
- 公司应完善内部管理流程，确保在支付款项后及时向仲裁机构或法院提交支付凭证，并申请撤销或变更相关裁决书的执行。
加强沟通协商：
- 公司应加强与员工的沟通协商，及时了解员工的诉求和意见，避免类似纠纷的发生。
建立法律风险防范机制：
- 公司应建立法律风险防范机制，定期对公司的劳动用工情况进行法律审查和风险评估，及时发现并解决潜在的法律问题。
希望以上分析和建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。