建设单位扣总包单位的罚款一般不可以直接冲减在建工程。下面我将从几个角度详细解释这个问题：

1. 会计处理原则：

   • 在会计处理上，罚款通常被视为一种营业外支出或营业外收入，而不是与在建工程直接相关的成本或收入。
   • 在建工程通常指的是与构建或购置固定资产直接相关的支出，如材料费、人工费等。
   • 因此，将罚款直接冲减在建工程不符合会计准则和会计处理原则。

2. 税务处理规定：

   • 从税务角度来看，罚款可能不被允许作为税前扣除项目，这意味着它不能减少应纳税所得额。
   • 如果将罚款冲减在建工程，可能会导致税务上的风险，因为税务部门可能不认可这种处理方式。

3. 合同与法律约定：

   • 建设单位与总包单位之间的合同通常会明确约定罚款的处理方式。
   • 如果合同中没有明确规定罚款可以冲减在建工程，那么建设单位就不能单方面做出这样的处理。

4. 财务管理实践：

   • 在财务管理实践中，罚款通常被单独记录并作为营业外支出处理。
   • 这有助于保持财务记录的清晰性和准确性，避免混淆不同性质的收支。

综上所述，建设单位扣总包单位的罚款一般不应直接冲减在建工程。正确的处理方式应该是根据会计准则、税务规定以及合同约定来妥善处理罚款，并确保财务记录的准确性和合规性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请随时向我提问。