发包公司一般不能直接对施工单位罚款，但在特定条件下可以依据合同约定进行扣款或索赔。以下从不同角度进行分析：

1. 法律地位与权限角度
   发包公司（建设单位）与施工单位（承包人）是平等的民事主体，双方通过施工合同建立契约关系。根据《民法典》合同编，发包公司本身不具有行政处罚权，无权单方面对施工单位作出罚款决定。若发包公司直接以“罚款”名义扣款，可能因缺乏法律依据被认定为无效。

2. 合同约定角度
   若施工合同中明确约定了违约金条款或损害赔偿计算方式（例如：工期延误、质量不达标等情形的违约责任），发包公司可依据合同要求施工单位承担违约责任。此时需注意：

   • 违约金需以实际损失为基础，不得过分高于损失（《民法典》第585条）；
     
   • 若合同未约定违约金，发包公司需举证实际损失，通过诉讼或仲裁主张赔偿。

3. 工程质量与安全角度
   根据《建设工程质量管理条例》等法规，若施工单位存在重大质量问题或安全事故，行政主管部门可对其处罚（如罚款、停业整顿等），但处罚主体是政府而非发包公司。发包公司可配合行政调查，并通过合同约定追究施工单位民事责任。

4. 实务操作建议

   • 发包公司：应在合同中细化违约情形及赔偿标准，避免使用“罚款”等模糊表述；发生纠纷时，优先通过协商、调解解决，必要时委托第三方鉴定损失。
     
   • 施工单位：签订合同时需审核违约条款，避免不合理责任；若遭遇发包公司不当扣款，可依据合同抗辩或主张返还。

总结：发包公司无权直接罚款，但可通过合同约定追究违约责任。双方均需以合同为依据，通过合法途径解决争议。如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询。