罚款单不能直接抵扣工程款。具体分析如下：

一. 罚款单的性质与效力

1. 非行政执法行为：罚款单在建设工程合同中，并非行政处罚的“罚款”，而是一种损害赔偿的约定，其本质上是承包人与发包人关于工程事项的损害赔偿达成的一致意见。
2. 违约金条款性质：在司法实践中，此类“罚款”可以按照违约金条款的性质予以认定，适用《中华人民共和国民法典》中有关合同效力以及违约责任的规定处理。

二. 抵扣工程款的条件

1. 双方同意：罚款扣款要直接抵工程款，需要双方同意，并且罚款单已经送达承包人，且承包人确认罚款单载明的金额。
2. 不能单方抵扣：发包人不能单方行使罚款权并自行抵扣工程款。如果发包人主张扣除罚款抵扣剩余的工程款，应当举证证明罚款单已经送达承包人且承包人确认罚款单载明的金额。

三. 实际案例

• 例如，在某案例中，发包人试图以承包人未按期交付工程为由，提出在工程款中扣除罚款。但法院认为，发包人未能提交证据证明承包人已收到并确认罚款通知载明的金额，因此不支持发包人的抵扣主张。

我建议：在实际操作中，如果发包人希望对承包人进行罚款并抵扣工程款，应确保双方已就罚款事项达成一致，并且罚款单已经送达承包人且得到确认。否则，单方行使罚款权并自行抵扣工程款可能会面临法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。