工程款逾期罚款不能直接与工程款抵销。下面我将对此进行详细分析：

一. 工程款与逾期罚款的法律性质不同

1. 工程款是承包人按照合同约定完成工程施工后，发包人应当支付的款项，它属于合同约定的正常履行内容。
2. 逾期罚款则是因发包人未按照合同约定的时间支付工程款，而依据法律规定或合同约定产生的违约责任，它属于对违约行为的惩罚性措施。

二. 抵销的适用条件

1. 根据相关法律规定，抵销通常适用于同种性质的债务，即双方互负到期债务，且债务的标的物种类、品质相同的情形。
2. 在本案中，工程款与逾期罚款显然不属于同种性质的债务，因此不能直接进行抵销。

三. 逾期罚款的处理方式

1. 单独主张：发包人逾期支付工程款时，承包人可以单独主张逾期罚款，要求发包人承担违约责任。
2. 诉讼或仲裁：如果发包人拒绝支付逾期罚款，承包人可以通过诉讼或仲裁的方式维护自己的合法权益。

四. 法律依据

• 《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规并未规定工程款与逾期罚款可以直接抵销。
• 反而，相关法律规定了逾期支付工程款的违约责任，如《中华人民共和国建筑法》第六十四条等条款，均体现了对逾期支付行为的惩罚性。

综上所述，工程款逾期罚款不能直接与工程款抵销。承包人应当单独主张逾期罚款，并通过合法途径维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。