工程逾期的罚款问题需根据合同约定、法律规定及实际损失综合判定，具体处理方式如下：

1. 合同有明确约定时，按约定执行
   若工程合同中已明确约定逾期违约金或罚款条款（如“逾期每日按合同总价的0.1%支付违约金”），则违约方需按约定承担责任。但需注意：

   • 违约金上限：根据《民法典》第585条，若约定的违约金“过分高于”实际损失（通常超过损失的30%），法院或仲裁机构可酌情调整。
     
   • 举证责任：守约方需证明实际损失（如额外租赁设备费用、工期延长导致的管理成本等），否则可能被调低违约金。
     

2. 合同无约定时，按实际损失赔偿
   若合同未约定逾期罚款，守约方可主张实际损失赔偿，包括：

   • 直接损失：如因逾期导致的材料涨价、人工成本增加等；
     
   • 间接损失：如因工程逾期导致业主无法按时使用房屋产生的租金损失（需证明因果关系）。
     
   • 注意：间接损失的赔偿范围可能受限，需结合具体案情判断。
     

3. 行政处罚（针对特定工程）
   若工程涉及公共安全或政府投资项目（如桥梁、地铁），逾期可能触发行政处罚：

   • 依据：如《建筑法》《招标投标法》等法规可能规定逾期罚款；
     
   • 主体：由行政主管部门（如住建局）作出处罚，罚款金额通常有法定标准。
     

建议：

• 签订合同时，明确约定逾期责任条款（包括违约金比例、计算方式）；
  
• 逾期发生后，及时固定证据（如工期记录、损失凭证）；
  
• 若协商不成，可通过诉讼或仲裁解决，但需注意诉讼时效（通常为3年）。
  

如有具体合同或案例，可进一步提供细节，我会为您详细分析。