结论：合同约定需经主管部门批准才能生效，但未经批准却已实际履行的情况下，合同效力及后续处理需分情况讨论。一般来说，合同可能因未满足生效条件而无效，但若实际履行行为构成对合同条款的追认或符合其他法定情形，合同也可能被认定为有效或部分有效。

1. 合同未生效的情况

• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。若合同明确约定需经主管部门批准才能生效，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该约定有效。在未经批准前，合同处于未生效状态。

• 实际履行的影响：尽管合同未生效，但双方已实际履行合同主要义务的，这并不直接导致合同生效。然而，如果一方以合同未生效为由主张合同无效，并拒绝履行后续义务，可能需承担一定的法律责任，如赔偿对方因信赖合同有效而遭受的损失（信赖利益损失）。

2. 合同可能被认定为有效或部分有效的情况

• 追认行为：如果双方在实际履行过程中，通过行为或明确的意思表示（如书面协议、口头确认等）对原合同进行了追认，即使原合同未经批准，也可能被认定为有效。追认行为表明双方对合同内容的认可，并愿意受其约束。

• 法定情形：在某些特定情况下，即使合同未经批准，也可能因符合法定情形而被认定为有效。例如，如果合同涉及的是国家需要重点扶持的项目或领域，且实际履行有利于国家利益和社会公共利益，法院或仲裁机构可能根据具体情况判决或裁决合同有效。

• 部分履行与合同分割：如果合同部分条款已经履行，且该部分条款与未履行部分可以独立存在，那么已履行的部分可能被认定为有效，而未履行的部分则仍需等待批准或根据其他法律规定处理。

3. 法律建议

• 及时沟通：双方应尽快就合同效力问题进行沟通，明确各自的权利和义务。如果可能，可以协商签订补充协议，对原合同进行修改或完善，以符合批准要求或明确双方在新情况下的权利义务。

• 寻求批准：如果合同仍有获得批准的可能性，双方应积极配合，向主管部门提交相关材料，争取获得批准。在等待批准期间，双方可以协商确定临时措施，以减少因合同未生效而可能造成的损失。

• 法律救济：如果因合同未生效而遭受损失，受损方可以向违约方主张赔偿。赔偿范围应限于因信赖合同有效而遭受的直接损失，如准备履行合同所支出的费用等。如果双方对损失赔偿有争议，可以通过诉讼或仲裁方式解决。

4. 可能的法律后果

• 合同无效：如果合同最终被认定为无效，双方应返还因合同取得的财产，无法返还或没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

• 合同有效或部分有效：如果合同被认定为有效或部分有效，双方应继续履行合同义务或就已履行部分进行结算。如果因一方违约导致合同无法继续履行或造成对方损失，违约方应承担相应的违约责任。

在实际操作中，建议双方根据具体情况咨询专业律师，以便更准确地判断合同效力及后续处理方式。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。