结论：合同未经总公司批准但已实际履行，其法律效力及后续处理需根据具体情况判断，主要包括合同效力认定、总公司追认可能性、实际履行对合同效力的影响以及可能的法律后果等角度。

1. 合同效力认定：

   • 一般原则：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。若合同中明确约定了需经总公司批准才生效，而实际上未经批准，则合同可能处于效力待定状态。
   • 例外情况：然而，如果合同已经实际履行，且履行行为符合合同的主要内容和目的，那么根据《民法典》中关于合同履行的规定，以及“事实合同关系”的理论，该合同可能被视为已经生效。这是因为实际履行行为表明双方已经以实际行动认可了合同的内容。

2. 总公司追认的可能性：

   • 追认权：总公司作为合同的潜在批准方，在合同未经其批准但已实际履行的情况下，有权选择追认或拒绝追认该合同。如果总公司追认，则合同自始有效；如果拒绝追认，则合同可能归于无效。
   • 追认的期限与方式：总公司的追认应当以明示的方式作出，且通常应在合理期限内进行。如果总公司长时间未表态，而合同已经实际履行，那么根据诚实信用原则和交易习惯，可以推定总公司已经默认追认。

3. 实际履行对合同效力的影响：

   • 履行行为的意义：实际履行行为是判断合同是否生效的重要依据。如果一方已经按照合同约定履行了主要义务，而另一方也接受了履行，那么即使合同未经总公司批准，也可能被视为已经生效。
   • 履行中的问题：当然，如果在实际履行过程中出现了问题，如履行不符合合同约定、存在违约行为等，那么这些问题的处理将依据已经生效（或被视为生效）的合同来进行。

4. 可能的法律后果：

   • 合同有效：如果合同被认定为有效，那么双方应当继续履行合同义务，并承担相应的法律责任。如果一方违约，另一方有权要求违约方承担违约责任。
   • 合同无效：如果合同被认定为无效，那么双方应当恢复原状，即返还已经收到的财物或赔偿因此造成的损失。同时，如果一方存在过错导致合同无效，还应当承担相应的赔偿责任。

建议与行动：

• 收集证据：无论合同是否有效，你都应当收集并保存好与合同履行相关的所有证据，如合同文本、履行凭证、沟通记录等。这些证据将在后续处理纠纷时发挥重要作用。
• 与总公司沟通：如果可能的话，你可以尝试与总公司进行沟通，了解其对合同的态度和意图。如果总公司愿意追认合同，那么问题将得到妥善解决；如果总公司拒绝追认或长时间未表态，你需要做好应对合同无效或效力待定的准备。
• 寻求法律帮助：如果你在处理这个问题时遇到困难或不确定如何操作，建议及时向我咨询。我可以根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。