针对您卖房签合同46万，但中介只给了45万的情况，可能存在以下几种原因，我将逐一为您分析：

1. 中介费用扣除：

   • 情况说明：在房屋买卖交易中，中介通常会收取一定比例的中介费作为服务报酬。这可能是中介从总房款中直接扣除了一部分作为费用。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于居间合同的规定，中介有权按照约定收取报酬。但具体费用比例和支付方式应在合同中明确约定。
   • 建议行动：首先检查您与中介签订的合同，查看是否有关于中介费用的明确约定。如果合同中有约定，且您同意该费用比例，那么中介扣除费用是合法的。如果您认为费用过高或合同中没有明确约定，可以与中介协商调整或寻求法律帮助。

2. 合同条款误解或变更：

   • 情况说明：可能存在您对合同条款理解有误，或者合同在签订后被变更（如双方口头协商调整了房款金额，但未书面确认）。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的规定，合同的变更应当经双方协商一致，并采用书面形式。
   • 建议行动：仔细审查合同条款，特别是关于房款金额和支付方式的条款。如果发现合同有变更或存在误解，及时与中介和买家沟通，明确各方权利和义务。必要时，可以寻求法律帮助来确认合同的真实意思和效力。

3. 中介违规操作或欺诈：

   • 情况说明：虽然不常见，但也不能排除中介存在违规操作或欺诈行为的可能性，如擅自截留房款、伪造合同等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》中关于诈骗罪的规定，以及《中华人民共和国民法典》中关于欺诈和违约责任的规定，中介如果存在欺诈或违规操作，应承担相应的法律责任。
   • 建议行动：如果您怀疑中介存在违规操作或欺诈行为，首先收集相关证据（如合同、转账记录、沟通记录等）。然后，与中介进行严肃交涉，要求其解释原因并返还被截留的房款。如果交涉无果，可以向当地房地产管理部门投诉或向法院提起诉讼。

在处理此类问题时，您还可以注意以下几点：

• 保留证据：确保您保存了所有与交易相关的文件、记录和沟通信息，以便在需要时提供证明。
• 及时沟通：与中介和买家保持及时、有效的沟通，了解交易进展和可能出现的问题。
• 寻求专业帮助：如果您对法律问题或交易流程不熟悉，可以咨询专业律师或房地产专家，以获取更具体的指导和建议。

最后，我建议您根据上述分析，结合自己的实际情况，采取相应的行动来解决问题。如果需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。