当工伤案件超过一年没有申请工伤认定，而劳动者直接选择向法院提起诉讼时，法院的处理方式会依据具体情况和法律规定来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法院处理的基本原则
法院在处理此类案件时，会遵循法律的规定，同时考虑公平、正义和实质解决纠纷的原则。由于工伤认定是享受工伤保险待遇的前提，且通常有时效限制，因此法院会首先审查劳动者未在规定时间内申请工伤认定的原因。
二、未申请工伤认定的原因分析
用人单位未申请：
- 如果用人单位未在规定时间内（通常是事故发生后30日内）向社会保险行政部门提出工伤认定申请，且劳动者或其近亲属、工会组织也未在1年内提出申请，那么劳动者可能因超过时效而无法直接获得工伤认定。
- 但在此情况下，如果劳动者能证明用人单位存在过错（如未履行告知义务、故意拖延等），法院可能会根据具体情况，考虑是否支持劳动者的诉求。
劳动者自身原因：
- 如果劳动者因个人原因（如不了解政策、疏忽等）未在规定时间内申请工伤认定，且没有正当理由（如不可抗力、人身自由受限等），那么法院可能会认为劳动者已丧失通过工伤认定程序获得赔偿的机会。
- 在此情况下，劳动者可能需要通过民事诉讼途径，以人身损害赔偿为由向用人单位主张权利。但需注意，人身损害赔偿与工伤赔偿在赔偿项目、标准等方面存在差异，且劳动者的举证责任较重。
三、法院的具体处理方式
审查证据材料：
- 法院会综合审查劳动者提供的证据材料，包括劳动合同、工资流水、医疗诊断书、事故报告、证人证言等，以判断是否符合工伤的构成要件。
- 如果劳动者能提供充分证据证明其因工作原因受到伤害，且用人单位存在过错或未履行相关义务，法院可能会根据公平原则和实质正义，支持劳动者的部分或全部诉求。
考虑特殊情况：
- 如果劳动者能证明因不可抗力、人身自由受限等正当理由导致未能在规定时间内申请工伤认定，法院可能会根据具体情况，考虑是否恢复工伤认定时效或支持劳动者的其他诉求。
- 部分案例中，法院也可能基于公平原则和实质正义，在证据充分的情况下支持超期职工的工伤权益诉求，但这需要满足严格条件。
引导协商或调解：
- 在诉讼过程中，法院可能会引导双方进行协商或调解，以促成双方达成和解协议。这有助于快速解决纠纷，减轻当事人的诉讼负担。
作出判决：
- 如果双方无法达成和解协议，法院将根据审查结果和法律规定，作出判决。判决可能包括支持劳动者的部分或全部诉求，或者驳回劳动者的诉求。
四、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 由于工伤认定及赔偿问题涉及复杂的法律程序和专业知识，建议劳动者及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
收集并保留证据：
- 劳动者应尽快收集并保留相关证据材料，如医疗记录、事故报告、证人证言等，以支持自己的主张。
注意诉讼时效：
- 即使通过法律途径主张权利，劳动者也需注意民事诉讼时效的限制（一般为三年），以免因超过时效而丧失胜诉权。
综上所述，当工伤案件超过一年没有申请工伤认定而直接向法院提起诉讼时，法院会综合审查证据材料、考虑特殊情况，并根据法律规定和公平原则作出判决。建议劳动者在遇到此类问题时及时咨询专业律师并收集保留相关证据材料。